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高通量数据的生物信息学分析及其整合
—与翔生物信息学分析平台简介
高通量数据的生物信息学分析及其整合
—与翔生物信息学分析平台简介
前言
以生物芯片为代表的高通量生物技术飞速发展,
其数据特点为海量、复杂、难于深入分析
生物学研究人员要求数据分析更加系统化、个性
化,具创新性
商业版和免费版分析软件繁多,而缺乏专业的、
系统的、扩展性高的数据分析平台
专业公司的服务相对于团队建设周期短,投资少
已建立分析平台的主要高通量技术
基因组学
– Array CGH
– DNA 甲基化芯片 编程环境:
– Tiling Array (ChIP-chip) Linux和
– SNP 芯片(genotype/LOH/CN/GWAS) MySQL
– 高通量DNA测序(454/Solexa/ SOLiD)
– 基因组注释 编程语言:
转录组学 C++, R, Perl,
– DNA芯片(mRNA/microRNA) Python,
– SAGE/EST 文库 Matlab, Java
– 高通量RNA测序
蛋白质组学/代谢组学 所有流程已本
– 双向电泳/HPLC质谱 地化并经过
– 蛋白质结构及其功能预测 unit 测试
系统生物学
– 基因网络/相互作用分析
– 异质和异源数据整合分析
与翔简介
发展历史:源自清华大学医学院生物信息学研究所,2006年1月正
式注册成立;国内最早的生物信息学专业数据分析公司;拥有自主
研发的高通量数据分析分析平台,擅长各种芯片数据和质谱数据的
深入分析。
团队成员:公司成员都是高学历的生物信息学人才,主要研发骨干
为清华大学、北京大学和军科院的生物信息学博士,并建有自己的
专业人才库,已收录200多位专业人才。
合作交流:
– 跟国内近百家科研单位进行数据分析合作
– 跟美国SpotFire公司和西班牙Integromics公司展开深入合作,
为其提供高通量数据的生物信息学分析方案和专业软件开发
与翔的合作发表SCI文章
Yongping Cui, Jianbo Wang, Xinyu Zhang, Ronggang Lang, Meixia Bi, Liping Guo, Shih-Hsin Lu.
ECRG2, a novel candidate of tumor suppressor gene in the esophageal carcinoma, interacts
directly with metallothionein 2A and links to apoptosis. Biochemical and Biophysical Research
Communication, 302(2003), 904-915.
PubMed ID: SCI 影响因子(IF): 3
Sun W, Zhang K, Zhang X, Lei W, Xiao T, Ma J, Guo S, Shao S, Zhang H, Liu Y, Yuan J, Hu Z, Ma
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