生物信息学软件与使用技巧.pdf

生物信息学软件及使用技巧 生物信息学软件及使用技巧 内容概要 内容概要 生物信息学软件的主要功能简介 1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究 进度，缩短科研时间 2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数 据的分析所得的结论设计下一阶段的实验 3. 用计算机管理实验数据 4. 寻找、预测新基因及预测其结构、功能 5. 蛋白高级结构预测 二.生物学软件部分常见功能使用技巧 PCR 引物设计 DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建 Contig ExpressDNA 序列片断拼接 DNA 模拟电泳 重要生物数据库简介 三. 生物信息学服务 生物信息学的概念： 生物信息学的概念： 生物信息学是一门新兴的交叉学 科，它将数学和计算机知识应用于生 物学，以获取、加工、存储、分类、 检索与分析生物大分子的信息，从而 理解这些信息的生物学意义。 二. 生物信息学软件的主要功能 二. 生物信息学软件的主要功能 简介 简介 网上数据库的运用 网上数据库的运用 l IRACE (基因拉长功能） l BLAST 同源序列检索 l ENTREZ SYSTEM (集成 信息检索系统) 生物信息学软件主要功能 生物信息学软件主要功能 1. 分析和处理实验数据和公共数据， 加快研究进度，缩短科研时间 2. 提示、指导、替代实验操作，利用 对实验数据的分析所得的结论设计 下一阶段的实验 3. 实验数据的自动化管理 4. 寻找、预测新基因及其结构、功能 5. 蛋白质高级结构及功能预测（三维 建模，目前研究的焦点和难点） 功能 分析和处理实验数据和公共数 1. 功能 分析和处理实验数据和公共数 1. 据，加快研究进度，缩短科研时间 据，加快研究进度，缩短科研时间 核酸：序列同源性比较，分子进化树构 建，结构信息分析，包括基元(Motif)、酶 切点、重复片断、碱基组成和分布、开放 阅读框（ORF ），蛋白编码区（CDS ）及 外显子预测、RNA二级结构预测、DNA片 段的拼接 蛋白：序列同源性比较，结构信息分析 （包括Motif ，限制酶切点，内部重复序列 的查找，氨基酸残基组成及其亲水性及疏 水性分析) ，等电点及二级结构预测等等 本地序列与公共序列的联接，成果扩大 ENTREZ 集成检索示意图 ENTREZ 集成检索示意图 Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图 Peptool Lite Dot Plot 点阵图 Peptool Lite Dot Plot 点阵图 DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测 DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测 DNASIS 2.5 tRNA 二级结构预测 DNASIS 2.5 tRNA 二级结构预测 RNAStructure 3.5 RNA 二结构预测 RNAStructure 3.5 RNA 二结构预测 Omiga 2.0 ORF Map Omiga 2.0 ORF Map DnaStar 之Protean 对氨基酸的亲疏水性 DnaStar 之Protean 对氨基酸的亲疏水性 分析：helical wheel 图 分析：helical wheel 图 功能2. 提示、指导、替代实验操作，