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生 物 信 息 学 实 验 指 导 书 福建农林大学生命科学学院 实验一： Pubmed [实验目的] 掌握 Genbank 中文献数据库Pubmed 的使用及其检索方法 [实验原理] 1. PubMed PubMed 是 NCBI Entrez 数据库查询系统中的一个，提供免费的 Medline 、PreMed-line 与其他相 关数据库检索服务，并连接到部分期刊出版商网站，从中可获取期刊全文。 PubMed 提供了强大的技术支持，使用户可以非常容易地进行检索。用户可以在检索文本框中 输入任意一个或多个符合自己检索要求的文字，如普通文字、关键词、医学主题 词、作者姓名、杂志名称、特定时间等，按回车键或“Go ”按钮，即可进行相关检索。 1.1 主题检索 在检索框中输入一到多个单词，如键入：vitamin c common cold ，按回车键或“Go ”按钮，PubMed 通过自动词语匹配功能将有意义的词组合在一起检索，并将不规范的词语转换成医学主题词表 (MeSH)词表中的规范用词。如输入 vitaminc ，系统会将检索要求转换成“Ascorbic Acid[MeSH Terms]OR vitamin c[Text Word] ”进行检索。 如果输入的检索词包括逻辑运算符 AND 、OR、NOT ，这些运算符必须要大写，例如：vitamin c OR zinc 。按回车键后，PubMed 将显示检索结果，同时检索框中仍然保留刚才输入的检索式。可以 通过在检索框中添加或删除检索词来修改当前的检索式。 1.2 作者姓名检索 按照姓加上名缩写的格式键入，中间无标点符号，如：“Smith JA”、“Crawford SC ”，系统会自动 在作者字段内进行检索。如果只键入作者的姓，PubMed 将在所有字段中进行检索而不仅在作者字段 中检索，除非作者的姓在MeSH 转换表中检索到，如：“Yang ”将以“Yin Yang[MeSH]OR Yang[Text Word] ”形式检索。 如希望限定在作者字段检索，可用双引号将作者名引起来，再加作者字段标识符[au]，如：“Smith J ”[au]。 1.3 刊名检索 可以在检索框中键入杂志全名，如：molecular biology of the cell ，系统的“自动词语匹配”功能 会自动将其转换成( “mol biol cell ”[Journal Name])进行检索；也可以直接键入 Medline 的期刊标准 缩写形式如：mol biol cell ，或者是键入刊物的 ISSN ( 国际标准出版物代码) 如：1059-1524 进行检索。 需要注意的是，如果杂志名称恰好是 MeSH 词表中的词，如：G3ene Therapy，Science，Cell 等， PubMed 会首先将这些词转换成 MeSH 词表中的主题词进行检索。此外，如果杂志名是一个单词， 如“Scanning’，系统将会在所有的字段中进行检索。以上两种情况下，需要将检索请求进行标准化 处理，即在杂志名后面加杂志名称字段标识符[ta]。还需要注意的是，在早年的文献中，没有 ISSN 号。 如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：JHand Surg[Am] ， 检索时应转成：J Hand surg Am 。 1.4 词组检索 输入多个单词时，PubMed 查询词组索引，将其自动组合成符合逻辑的词组。但是有的组合词在 PubMed 的索引中找不到，如brca 1 ，PubMed 不会把它当作一个检索词，而是拆开进行检索。出现 这种情况时，可将词组用双引号括起来，强迫 PubMed 将之作为一个词组整体进行检索。当词组用 双引号括起来进行检索时，PubMed 会关闭词语匹配和自动扩展检索功能。 1.5 截词检索 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，这与检索 Medline 光盘时截词符的用法是相同的。 截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索，例如： bacter* ，可以检出 bacter 、bacteria 、bactrerium 等词。PubMed 一次最多可以检索出 150 个词形变异 词。