合成基因网络模型中外信号对显式内随机共振影响.pdfVIP

合成基因网络模型中外信号对 显式内随机共振的影响1 1 2 宗彦芳 ，李前树 1,2北京理工大学理学院化学系，（100081） E-mail:bitzong@ 摘要：本文研究了一个合成基因网络模型被噪声和外信号调控时的动力学行为。我们通过 计算机模拟发现当系统在振荡区时, 一定强度的噪声可以通过显式内随机共振(EISSR)机 制来增强合成基因网络振荡的性能. 另外, 我们还发现当存在外加周期信号时，显式内随 机共振效应会受到一定的影响，即当外信号频率等于内信号频率时，体系的显式内随机共 振效应得到最大的抑制。此外，我们还讨论了这种现象对基因体系的积极作用。 关键词：噪声，外信号，显式内随机共振，基因表达，合成基因网络 1. 引言 噪声通常被认为是不利的因素, 会将微弱的信号掩盖, 因此人们总是力图减小它的影响. 然而近年来的研究表明, 在非线性系统中，噪声在特定条件下可以提高系统对信号的响应。 在特定的噪声强度下系统对微弱信号的响应达到极大值, 这种现象被称为随机共振 (stochastic resonance，SR)随机共振概念最先是由 Benzi 及其同事在研究周期循环的冰期气 候系统时提出来的[1]。 随着研究的进展，随机共振的概念被大大地扩展，其中的非线性系 统可以是单稳态[2,3]，可兴奋体系[4,5], 或者是无阈值体系[6], 输入的信号可以是非周期信 号或混沌信号[7,8]， 也可以是空信号[9]。近几年, 噪声诱导振荡和随机共振的研究在化学 体系[10~12]、物理体系[13,14]和生命体系[15-18]等方面取得了大量成果，其中有不少工作 都是研究了在无外信号输入条件下的随机共振问题，外信号可能被来自噪声诱导的内在振荡 所代替，也可能被来自体系的固有周期振荡所代替，我们把前者称为隐式内随机共振，后者 称为显式内随机共振[19]。左孝兵等人在油-水液膜振荡器模型中研究了外信号存在时的随 机共振[20]，他们的研究是基于噪音和外信号之间的协同作用这一思想。之后，一些研究人 员曾研究过外信号的频率和振幅对随机共振的影响，例如 Jung 和 Hänggi 就仔细地研究过 非稳定随机过程中在对外信号的振幅和频率没有限制下的随机共振现象[21]。近来，王伟等 1 国家自然科学基金资助项目 - 1 - 人研究了单个神经细胞和神经元网络中外信号频率的敏感性，他们指出[22，23]加入外信号 的体系中存在一个频率敏感范围，在这个范围内，信噪比有一个极大值，这说明体系对外信 号有很大的敏感性，以上他们的研究都是随机共振，而不是显式内随机共振。那么当外信号 加入到体系中，外信号的频率将如何影响显式内随机共振？ 基因表达的过程在生命过程中处于最基本的层次，其中存在着丰富的随机过程。一方面, 生物体内的环境涨落会对基因表达过程的动力学产生很重要的影响[24]；另一方面, 基因表 达的过程通常在单细胞内发生, 参与反应过程的分子数量很少，也会在统计上对最终的结果 产生重大的影响[25]。Arkin 等科学工作者很早就指出了基因表达过程中的反应是随机突然 发生的, 随机力的影响必须加以考虑，近几年，有不少工作都开始研究基因表达过程中的噪 声[26-34]。在迄今为止的工作中，大部分工作还是仅考虑了噪声，而有关在基因表达层次上 的外信号对显式内随机共振现象影响的研究还很少。 本文中我们采用一个合成基因网络模型[35]研究了信号和噪声调制下的动力学行为。通 过计算机模拟我们发现在不存在外信号时，存在一个最优噪声强度，可以出现显式内随机共 振现象，进一步研