生物信息网路和数据库2.ppt

生物信息网络与数据库Bioinformatics network and database 天津医科大学 生物医学工程系 第1章 绪论Introduce 1.1生物信息学与生物信息网络network、数据库 database的关系 1、生物信息学的定义: 是利用计算机对生命科学研究中的生物信息进行储存to store、检索to search和分析的科学。 2、现代生物信息学的定义: 现代生物信息学是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科，是应用计算机技术和信息论方法采集、存储、传递、检索、分析和解读蛋白质及核酸序列等各种生物信息，以帮助了解生物学和遗传学信息的科学。 1.1生物信息学与生物信息网络、数据库的关系 3、生物信息网络与数据库 生物信息学处理的信息巨大增长迅速快 学习生物信息学, 必了解数据、数据库及计算 机网络 数据库技术是计算机学科的一个分支 信息数据储存、管理、利用和共享 1.1生物信息学与生物信息网络、数据库的关系 ①.数据及数据库：数据是指描述事物的符号 数据库则是数据的集合 ②.数据库系统： 是指具体的数据库管理系统软件和相关的数据库的集合体, 通常由软件、数据库和数据库管理员组成 生物信息数据库的开发: 整合查询基因组 DNA 序列 mRNA 表达的空间和时间模式 蛋白质结构、免疫反应、文献记录等数据 1.1生物信息学与生物信息网络、数据库的关系 数据库研究的领域 ： 核酸或蛋白质序列中识别模式的算法 相似性比较或系统发育构建 线性序列或高维结构的模序识别 基因表达的共有模式 数据的共享性和应用性 相关数据为全人类所共享、数据研究应用为人类服务 1.1生物信息学与生物信息网络、数据库的关系 国际上的一些生物信息数据库 核酸序列数据库 ： GenBank 美国国家生物技术信息中心 NCBI 欧洲分子生物学实验室 DDBJ 日本国立遗传学研究所 蛋白质序列数据库： PIR 美国生物医学基金会建立 SWISS-PROT 瑞士生物信息学研究所和欧洲分子生物学实验室共同维护 蛋白质结构数据库： PDB 美国Brookhaven实验室大分子数据库 1.1生物信息学与生物信息网络、数据库的关系 ③.网络(network) 一群具有独立功能的计算机通过通讯设备及传输媒体被连接起来，在通讯软件的支持下，实现计算机间资源共享 、信息交换或协同工作的系统。 生物技术(biotechnology BT) 与信息技术 (information technology IT) 联系紧密，网络在其中起着关键性的纽带桥梁作用。 生物信息的研究与开发需要计算机的的支持 因特网是人们生活、学习、科研的重要通信手段 因特网是生物信息学研究的平台 1.2 课程内容 第一章 绪论 第二章 数据库管理与数据库应用 2.1数据库管理的概念 2.2数据库与数据库技术的概念 2.3数据库应用实例 第三章 计算机网络与Internet 3.1 Internet 简介 3.2 Internet 上的高级信息管理 3.3 Internet 与数据库检索 1、2 课程内容 第四章 生物信息数据库 4.1 生物信息数据库简介 4.2 序列数据库——核酸序列 4.3 序列数据库——蛋白序列 4.4 结构数据库——蛋白质结构 4.5 课程答疑 理论课考试、实验课考试 第二章 数据库管理与数据库应用 2.1 数据库管理的概念 数据库技术是数据管理的技术 是计算机科学与技术的重要分支 是信息系统的核心和基础 各种信息系统都是以数据库为基础,对信息进行处理和应用的系统 数据库借助计算机保存和管理大量的、复杂的数据快速而有效地为用户和各种应用程序提供需要的数据及利用这些资源 2.2数据库与数据库技术的概念 常用术语 2. 数据库管理系统 数据库管理系统(DataBase Management System,DBMS)是指数据库系统中对数据库进行管理的软件系统 数据库的一切操作是通过 DBMS 进行 DBMS是位于用户和操作系统之间的软件 数据库管理系统是数据库系统的核