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实验五 系统发育分析
实验目的
线粒体的D-loop是动物DNA序列发生突变最多的区域之一，因此常常用来比较近亲生物体。现代人的起源是一个争论激烈的话题，最近这个问题已经通过mtDNA序列被解决。人类mtDNA有限的遗传变异已经被术语:a recent common genetic ancestry所解释，这暗示我们，所有的现代人类的mtDNA都来自于20万年前居住在非洲的一个女性。
本实验以原始人类的mtDNA序列为例，构建系统发育树。原始人类包括：大猩猩、黑猩猩、猩猩、人类。
物种描述 GenBank中的编号
German_Neanderthal AF011222;
Russian_Neanderthal AF254446;
European_Human X90314 ;
Mountain_Gorilla_Rwanda AF089820;
Chimp_Troglodytes AF176766;
Puti_Orangutan AF451972;
Jari_Orangutan AF451964;
Western_Lowland_Gorilla AY079510;
Eastern_Lowland_Gorilla AF050738;
Chimp_Schweinfurthii AF176722;
Chimp_Vellerosus AF315498;
Chimp_Verus AF176731;
学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，用基于距离的系统发育分析的UPGMA方法构建一个发育树。
学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，用基于距离的系统发育分析的邻近归并方法构建一个发育树
学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，比较不同发育树的拓扑结构。
学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关函数，将发育树中感兴趣的物种进行剪切，取出相应的物种名称，并恢复其拓扑结构。
实验内容
编程提取上述12个物种的线粒体的D-loop 序列。
% Species Description GenBank Accession
data = {German_Neanderthal AF011222;
Russian_Neanderthal AF254446;
European_Human X90314 ;
Mountain_Gorilla_Rwanda AF089820;
Chimp_Troglodytes AF176766;
Puti_Orangutan AF451972;
Jari_Orangutan AF451964;
Western_Lowland_Gorilla AY079510;
Eastern_Lowland_Gorilla AF050738;
Chimp_Schweinfurthii AF176722;
Chimp_Vellerosus AF315498;
Chimp_Verus AF176731;
};
for ind = 1:length(data)
primates(ind).Header = data{ind,1};
primates(ind).Sequence = getgenbank(data{ind,2},sequenceonly,true);
end
用基于距离的系统发育分析的UPGMA方法构建一个发育树
用Jukes-Cantor公式计算两两序列的距离，用UPGMA方法构建一个发育树。
函数seqpdist将对数据集序列进行两两比对得出距离。
函数 seqlinkage将根据序列的两两距离构建系统发育树。
distances = se
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