生物信息学许丽珍104120236.docVIP

肺炎衣原体(AR39)基因的生物信息学分析 摘要：肺炎衣原体的核酸杂交检测衣原体的特异性强，但敏感性不高，主要用于PCR结果的检测、判定，尚未直接用于临床标本的检测；PCR具有较高的敏感性，应用肺炎衣原体 MOMP基因片段的2对特异性引物对临床咽拭子进行PCR测定，其结果与血清学检测具有较好的一致性。肺炎衣原体引起人的非典型性肺炎，同时还可致支气管炎、咽炎、鼻窦炎、中耳炎、心内膜炎、脑膜炎、结节性红斑等疾病，也是艾滋病、白血病等继发感染的重要病原菌之一， 流行病学和病原学研究认为，肺炎衣原体感染与心血管疾病相关，已引起各国学者的高度重视肺炎衣原体（Chlamydia pneumoniae Cpn）是1989年定名的新种，首株肺炎衣原体是于1965年从台湾省一名儿童的眼部用鸡胚分离出的，暂名为TW-183T（小T示原型株），1983年又从西雅图一名患咽炎的大学生咽部分离出一株AR-39，因其一些生物学性状类似于鹦鹉热衣原体，所以当时归于鹦鹉热衣原体种中TWAR组，后经深入研究，根据其独特的超微结构及基因和特异性抗原分析，于1989年定为衣原体属中一个新种，正式定名为肺炎衣原体（Chlamydia pneumoniae）。肺炎衣原体只有一个血清型，98kD蛋白为其特异性抗原，代表株为TWAR。目前已新分离出10多株肺炎衣原体，该衣原体是一种重要的呼吸道病原体。 肺炎衣原体主要引起人的非典型性肺炎，同时还可致支气管炎、咽炎、鼻窦炎、中耳炎、虹膜炎、肝炎、心肌炎、心内膜炎、脑膜炎、结节性红斑等疾病，也是艾滋病、白血病等继发感染的重要病原菌之一，另外，流行病学和病原学研究认为，肺炎衣原体感染与心血管疾病相关，已引起各国学者的高度重视。 编辑本段病原 肺炎衣原体的原体形态多样，电镜下可呈现典型的梨形，其长轴长0.44μm，短轴长0.31μm，平均直径为0.38μm。核区呈圆形，位于细胞中央，平均直径为0.24μm，核区和细胞膜之间有较宽的原生质区。肺炎衣原体不能体外培养，只能在细胞内寄生，鸡胚对其不敏感，因此一般不用鸡胚传代，而用细胞培养传代，肺炎衣原体敏感的细胞株为HEP-2或H-292，离心能促进肺炎衣原体对细胞的感染。肺炎衣原体包涵体不含糖原，碘染色阴性，在Hela细胞中的形态与鹦鹉热衣原体十分相似，姬姆萨染色后呈深密度卵圆形，在HEP-2细胞中的包涵体，其密度和形态均多样化，有致密的、桂花样散在的、有伸出胞外出瘤状的、还有圆形、胞内着色较少的包涵体。 肺炎衣原体具有属特异性抗原和种特异性抗原，属特异性抗原主要有两个抗原决定簇表位，一个是肺炎衣原体 LPS核心多糖的第三个KDO残基，一个是分子量为39.5KD的主要外膜蛋白（MOMP），这两个抗原决定簇均对甲醇敏感，与其它衣原体种间存在交叉；肺炎衣原体的种特异性抗原为98KD的MOMP，该抗原对丙酮敏感，并不与沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体抗血清发生交叉反应，已由种特异性单克隆抗体得到证实。到目前为止发现肺炎衣原体仅存在一种血清型，世界不同地区分离的肺炎衣原体不同株DNA的同源性可达94%以上，其限制性内切酶图谱基本一致，标准株为TW-183和AR-39。 肺炎衣原体毒力较低，3代之内不能致死鸡胚，小鼠鼻内、脑内和静脉内接种，不引起小鼠死亡，猴结膜内接种，不发生滤泡性结膜炎。对药物的抗菌谱类似其他衣原体，耐磺胺类药物。 编辑本段控制措施 肺炎衣原体呼吸道感染是世界各地广泛存在的常见病，引起地方性和流行性肺炎，无显著的性别和地区差异，一年四季均可发生，几乎每人一生中均受过感染，而且常常反复感染；感染是双峰分布，第一个高峰在8-9岁，第二个高峰在70岁。潜伏期约10-65天。 一般认为肺炎衣原体感染与鸟类及其它动物无关，人是肺炎衣原体的然宿主。肺炎衣原体在硬天塑料表面能存活30小时，在草纸上能存活12小时，在手上存活时间仅10-15分钟。因此，肺炎衣原体的传播方式可能主要是人-人通过飞沫传播，也可从环境中接触后通过手自体接种，其预防措施应与其他呼吸道传染性疾病相同，如流行期不要在人群密集的地方停留时间过长，经常洗手等等。肺炎衣原体目前还没有疫苗用于免疫接种。 肺炎衣原体 AE002161 1229853 bp DNA circular BCT 05-MAR-2010 （2）选取与 AE002161 相对的同源系列如下： （2） 在clustal中比对后的结果如下： （3）从比对的开始可以看出他们之间的碱基是有很大区别的，，开始只有第五条有。 分析：中间的可以看出，除了第五条外，其余的还是能对齐的，说明他们之间的同源性相对第五条高些。 比对后减去不齐的部分，把剩余的部分放在MEGA4软件中构建系统树。构建好的系统树如下图所示： 本次所用到的相关数据如