直翅目论文：直翅目郑氏比蜢线粒体基因组系统发育dNdS.docVIP

直翅目论文：郑氏比蜢线粒体基因组分析及直翅目昆虫线粒体基因组的进化与翅型和生态型的关系研究 【中文摘要】截至2011年4月,在NCBI中已收录的昆虫纲全线粒体基因组序列有240条,其中直翅目昆虫36条,而蜢总科昆虫暂缺。本研究采用Long-PCR和sub-PCR相结合的方法扩增了直翅目蜢总科郑氏比蜢(Pielomastax zhengi)全线粒体基因组序列,并对该线粒体基因组序列进行了测序、组装、注释以及分析。结合本实验室以前测定的线粒体基因组序列以及从GenBank下载的一些线粒体基因组序列,再会同本研究测定的郑氏比蜢线粒体基因组序列,共计50种直翅目昆虫的线粒体基因组序列,划分成四个数据集,使用最大简约法、最大似然法和贝叶斯推论法为这4个数据集构建了MP树、ML树和BI树。根据翅的长短或有无将这50种昆虫划分成长翅型、短翅型和无翅型,还根据生态型将将这50种昆虫划分为树栖型、草栖型和地栖型昆虫,使用PAML4.4软件计算了50种昆虫13个蛋白编码基因和联合数据集各自的同义替换速率、非同义替换速率以及同义替换与非同义替换的比值,通过这些分析得出了以下结论：1.郑氏比蜢线粒体基因组序列全长为15602bp,编码37个基因和一个A+T富集区,37个基因包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因以及2个rR... 【英文摘要】Up to the end of April 2011, there have been 240 Isecta mitochondrial genomic sequences recoded in the NCBI, but there are only 36 Orthoptera mitochondrial genomic sequences, and havn’t Eumastacoidea mitochondrial genomic sequences so far. In this paper, the complete mitochondrial genomes of Pielomastax zhengi was sequenced, assemblyed, annotated and analyzed in details with the strategies of long-PCR and sub-PCR. The new mitochondrial genome combined with that of other Orthoptera species which completed mi... 【关键词】直翅目 郑氏比蜢 线粒体基因组 系统发育 dN/dS 【英文关键词】Orthoptera Pielomastax zhengi dN/dS mitochondrial genome phylogeny 【索购全文】联系Q1：138113721 Q2：139938848 同时提供论文写作一对一辅导和论文发表服务.保过包发 【目录】郑氏比蜢线粒体基因组分析及直翅目昆虫线粒体基因组的进化与翅型和生态型的关系研究 摘要 3-5 Abstract 5-6 第一部分 前言 10-21 1 线粒体基本特征 10-11 2 动物线粒体基因组基本特征 11-12 3 线粒体基因组的研究策略 12-13 4 自然选择检测与线粒体DNA的相对进化速率 13-16 5 直翅目(Orthoptera)昆虫概况及研究进展 16-19 5.1 直翅目简介 16 5.2 直翅目分类 16-17 5.3 蜢总科简介 17-19 6 研究目的和意义 19-21 第二部分 实验材料与研究方法 21-35 1 实验材料 21-23 1.1 实验标本的采集、保存与鉴定 21 1.2 实验仪器和试剂 21-23 1.3 生物软件及统计学软件 23 2 试验方法 23-28 2.1 总DNA提取 23-24 2.2 总DNA检测 24 2.3 PCR引物设计与扩增 24-28 3 数据处理及分析 28-29 4 直翅目昆虫系统发育研究 29-33 4.1 序列数据来源 29-31 4.2 整理数据 31 4.3 序列组成分析 31 4.4 检测系统发育信号 31-32 4.5 构建系统树的方法 32-33 5 计算相对进化速率 33-35 5.1 数据集划分 33 5.2 非同义替换与同义替换比值(Ka/Ks)的计算 33-34 5.3 统计学处理 34-35 第三部分 实验结果 35-38 1 总DNA的提取 35 2 Long-PCR扩增结果 35-36 3 sub-PCR扩增结果 36-37 4 序列组装 37-38 第四部分 郑氏比蜢线粒体基因组分析结果 38-47 1 线粒体基因组结构以及基因排列顺序