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新基因6次跨膜表位抗原4在肥胖患儿脂肪组织的表达及生物信息学分析
高春林 刘光陵 夏正坤 邱洁 高远赋 樊忠民 伏洁 任献国 徐敏 郭锡熔
摘 要:目的 肥胖呈现全球流行趋势.目前,已基本证实其为一种多基因遗传病,先前研究小组筛选获得肥胖相关的新基因6次跨膜表位抗原(six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4,STEAP4)在肥胖患儿脂肪组织中差异表达,旨在进一步验证其在肥胖儿童脂肪组织中的表达,并初步探讨STEAP4的生物信息学特征.方法 采用实时荧光定量PCR(Realtime-qPCR)技术验证肥胖与健康儿童脂肪组织中STEAP4基因的表达差异,应用DNA Star、Blast、ProtParam、SOPMA、TargetP、TMHMM、ProtScale、Interpro Scan 和SMART等软件或数据库分析STEAP4的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、结构域及亚细胞定位等.结果 STEAP4基因是一个功能未知的基因,低表达于肥胖患儿脂肪组织中,生物信息学分析该基因cDNA全长4454bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长1380bp,编码459个氨基酸,预测相对分子质量51981.2,定位在胞膜,蛋白序列分析显示为6次跨膜螺旋结构,为可溶的亲水性蛋白,蛋白结构域分析显示具有黄素蛋白跨膜成分(三铁还原酶结构域),NAD(P)结合结构域,NADP氧化还原酶(依赖辅酶F420)和血红素蛋白保守位点.结论 STEAP4基因是一低表达于肥胖患儿脂肪组织中的基因,高度提示该蛋白与肥胖及其相关的胰岛素抵抗的发生存在相关性,值得进一步研究证实.关键词:肥胖症;STEAP;基因表达;计算生物学分类号:Q786 文献标识码:A文章编号:1008-8199(2011)02-0117-05
A novel gene six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 4: Expression in the adipose tissue of obese children and bioinformatic analysis
GAO Chun-lin LIU Guang-ling XIA Zheng-kun QIU Jie GAO yuan-fu FAN Zhong-min FU Jie REN Xian-guo XU Min GUO Xi-rong
基金项目:国家自然科学基金;江苏省医学领军人才培养经费(LJ200624)作者单位:高春林(210002,南京,南京军区南京总医院儿科;210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科) 刘光陵(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 夏正坤(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 邱洁(210008,南京,南京医科大学附属南京儿童医院普外科) 高远赋(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 樊忠民(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 伏洁(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 任献国(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 徐敏(210002,南京,南京军区南京总医院儿科) 郭锡熔(210004,南京,南京医科大学附属南京妇幼保健院)
参考文献:
[1]Hellstrom L,Reynisdottir S.Influence of heredity for obesity on adipocyte lipolysis in lean and obese subjects[J].Int J Obes Relat Metab Disord,2000,24(3):340-344.[2]Millon-Fremillon A,Bouvard D,GrichineA,et al.Cell adaptive response to extracellularmatrix density is controlled by ICAP-1-dependent beta 1-integrin affinity[J].J Cell Biol,2008,180 (2):427-441.[3]陈小慧,赵亚萍,高春林,等.STEAP4基因在人前体脂肪细胞诱导分化过程中的表达[J].实用儿科临床杂志,2010,25(7):473-475.[4]JoyceMB,de Chalain TM.Treatme
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