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目前做蛋白质及蛋白质组学研究主要有两条路线：
基于ESI-LTQ离子阱技术的液质联用技术路线；
MALDI-TOF-TOF技术路线。
MALDI-TOF-TOF，MatriX AssistedLaser Desorption Ionization（MALDI），中文一般译为基质辅助激光解吸附质谱技术其基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气MALDI产生的离子常用飞行时间检测器（Time-of-Flight,TOF）来检测质量数，因此合称MALDI-TOF或MALDI-TOF/TOF。会让肽段或蛋白带上一个和多个质子CID、PQD、ETD可以提高蛋白鉴定率和提高鉴定可靠性DE-LC-ESI-LTQ，2D LC-ESI-LTQ等多种联用模式，在线进样，提高效率。
小麦育性相关蛋白的检测、鉴定和发现需要对小麦蛋白质组进行全面动态的研究。小麦全蛋白体系复杂，存在很多低丰度不易被鉴定到的蛋白，难以被检测。某些蛋白还会存在一些动态修饰，更难被检测。因此需要先进高灵敏的仪器来应对这些挑战。作为一个小麦蛋白质组学研究实验室，离子阱技术是基础也是必须的，是应该最先被配备的质谱仪器。主要体现在以下几个方面：
LTQ的1级和多级的质谱图灵敏度高，特征性强，可以全面的对全蛋白中低丰度和高丰度蛋白进行鉴定，更好的进行小麦差异蛋白研究；
LTQ能够很好的兼容目前各种蛋白分离手段，如2DE，2DE-LC，2D-LC等，既能利用到2DE高效的蛋白分离能力，也能利用到LC高效的肽段分离能力，大大提高低丰度蛋白鉴定灵敏度，这是MALDI-TOF-TOF所不具备的。MALDI-TOF-TOF通常置于2DE配合使用。
Thermo专门为蛋白质组学研究开发的Proteome Discoverer软件，含包括了SEQUEST, ZCore和 MASCOThermo 在国内已有庞大的蛋白质组用户群，并且拥有一支经验丰富的蛋白组学应用技术支持团队（分别来自中科院上海生化所，中科院基因组所和大连化物所等）。Thermo可以帮助用户联系到国内外一流的蛋白组学研究实验室，进行后续的学术交流、培训等各种活动。
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