基于数据挖掘与网络分析的-脑心同治-分子机制研究.pdfVIP

1 第38卷第1期 V01．38，Issue 2013年1月 January，2013 基于数据挖掘和网络分析的“脑心同治” 分子机制研究 陈迪1，卢朋1小，张方博2，唐仕欢2，杨洪军h (1．中国科学院自动化研究所，北京100190；2．中国中医科学院中药研究所，北京100700) [摘要】研究从分子层面出发，结合利用信息技术中的网络分析、聚类和关联规则分析方法，找到步长脑心通这一实现 脑心同治的方剂中的化合物成分共同作用于人体内的主要靶标组合，并对比分析这些主要成分在基于冠心病和中风病相关 的蛋白质交互作用网络中作用的节点的异同。结果从分子层面上找出该方的主要成分对于2种疾病频繁作用的共同靶标及 对于2种疾病分别作用到的不同靶标，同时确定了主要成分在作用于2种疾病共同靶标的同时也间接影响到不同靶标，从而 解释其脑心同治的分子作用机制。 [关键词]网络分析；数据挖掘；脑心同治；步长脑心通方；分子作用机制 脑心同治理论是在对脑血管、冠心病病理生理 没有用到脑心同治的研究中去。本研究从分子层面 学和病因病机的研究基础之上，结合临床实践而提 出发，结合利用网络分析和数据挖掘算法，针对步长 出的【1J，该学说揭示了中医整体观在心脑血管疾病 脑心通方，分别在冠心病和中风病相关的蛋白质交 研究中的指导作用。目前，对脑心同治仅从中医和 互作用网络上进行分析以解释该方剂在脑心同治过 西医的概念上有初步认识¨引。但是关于中药在脑 程中的作用机制。 心同治过程中的分子基础没有得到深人的研究。步 1数据和方法 长脑心通方是体现脑心同治的代表性方剂，主要用 1．1 数据来源 冠心病和中风病相关基因来自 于治疗冠心病和脑中风，并已证实有确切疗效口剖， 遵从了中医“异病同治”∞41的理论。该方剂组成成 病相关的基因个数为131个，中风病相关的基因个 分复杂，通过多组分，多靶点作用实现功效，其脑心 数为165个。为了对基因和蛋白质的标识符进行统 同治的分子机制并没有得到充分研究，因而从分子 一，本研究在计算的过程中统一采用HGNCIDu引来 层面对该方剂的作用机制进行深入的阐释十分 表示相关的基因或蛋白质。蛋白质交互作用数据来 重要。 目前，已发展出多种计算方法用于研究药物作 因相关通路下载于KEGG数据库Ⅲ1(下载于2012 年9月)。中药组成成分来自于中药创新网(ht— 用机制喁．10]，其中，网络分析方法n卜121受到了越来越 多的关注。另外也建立了大量关于药物靶标和蛋白 质交互作用的数据库【l}17J。这些方法和数据有利 于从分子层面上解释药物的作用机制，不过目前并 年9月)。 1 15008 【稿件编号]20121 1．2计算及分析方法为了从分子层面解释药物 [基金项目】 国家“重大新药创制”科技重大专项(2011ZX09201- 脑心同治的作用机制，本研究所提出的步长脑心通 201-26)；国家自然科学基金项目；陕西省科技统筹创新 方脑心同治分析方法包括2个阶段。分析的过程见 工程计划项目(201lKTZB03-01-04) 图1。 [通信作者】 ’卢朋，Tel：(010E—mail：peng．1u@ 第