水稻蛋白质组双向电泳优化流程和方法_丁承强.pdfVIP

植物学报 Chinese Bulletin of Botany 2011, 46 (1): 67–73, doi: 10.3724/SP.J.1259.2011.00067 ·技术方法 · 水稻蛋白质组双向电泳优化流程及方法 丁承强, 马丹, 王绍华, 丁艳锋* 南京农业大学农学院, 南京 210095 摘要 双向电泳是分析蛋白质混合物的一种有力手段, 已在蛋白质组研究中得到广泛应用。水稻(Oryza sativa)作为重要的 粮食作物, 对其蛋白质组学研究开展较早。但由于技术复杂, 对实验操作要求高, 初学的研究者很难在较短的时间内掌握该 实验技术。该文介绍了水稻研究中适合多个组织的双向电泳实验方法和优化流程。该优化流程能使新的研究者逐步优化实 验条件, 更快更好地完成双向电泳实验。同时详细介绍了实验关键环节的操作方法。 关键词 蛋白质组学, 水稻, 双向电泳 丁承强, 马丹, 王绍华, 丁艳锋 (2011). 水稻蛋白质组双向电泳优化流程及方法. 植物学报 46, 67–73. 双向电泳作为蛋白质组研究的3大核心技术之一 2004) 、有机物(Ge et al., 2008)和农药(Lin et al., (另2种是质谱技术和蛋白质组信息学), 是由O’Farrel 2008)等。 于1975年建立的, 并成功分离到约1 000个大肠杆菌 然而, 由于双向电泳实验环节较多, 处理方法各 蛋白质。这项技术利用蛋白质的2种特性, 分2步将蛋 异, 使初学者难以掌握。在已经发表的介绍实验方法 白质混合物进行分离。第1步为等电聚焦(isoelectric 的文献中, 主要进行了各实验条件的比较(丁坤善等, focusing, IEF), 即根据蛋白质等电点(pI)的差异将蛋 2005; 付忠军等, 2009; 王清等, 2009), 只有经验丰 白质分离开。第2步为十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝 富的研究人员才能从中得到进一步优化实验的信息。 胶电泳(SDS), 即根据蛋白质相对分子量(Mr) 而没有研究经验的人员在进行实验方法的摸索时, 往 的差异将蛋白质进行分离。理论上, 不同的蛋白质可 往不知道应该先进行哪种条件的优化。在面对不理想 以通过这2步分离以单个蛋白质斑点呈现在凝胶图谱 的胶图时, 也无法确定是由哪些条件的处理不当引起 上。 的, 往往无序地进行实验条件的摸索, 造成时间和金 在最初的双向电泳技术中, 由于第1向使用的是 钱的大量浪费。另外在国内还未见有文献介绍水稻中 含有载体两性电解质的聚丙烯酰胺管胶, 双向电泳的 双向电泳的实验方法。由于水稻组织具有一定的特异 分辨率和可重复性较低。后来Gorg开发出新的双向电 性, 即使在已经发表的论文中, 双向电泳图谱的质量 泳技术, 即用固相pH梯度代替载体两性电解质产生 仍然不高。存在的主要问题有: 竖条纹严重 的pH梯度, 并用一面带有支持膜的凝胶代替管状凝 (Sengupta and Majumder, 2009)、染色较深(Lee et 胶进行第1向蛋白质分离。此后这一技术得到广泛的 al., 2007) 以及分离胶浓度不合理(Jagadish et al., 应用。目前利用双向电泳技术, 在水稻(Oryza sativa) 2010)等。因此有必要对水稻的双向电泳分离技术进 中的研究很多, 范围也非常广泛, 涉及水分(Ali and 行系统的分析介绍。 Komatsu, 2006)、温度(Lin et al., 2005; Hashimoto 本文介绍了一套双向电泳实验优化流程, 并利用 and Kom