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第六章 多序列比对和分子系统
第一、 发育分析
第一节序列间比对
Definitions
Pairwise alignment
The process of lining up two sequences to achieve
maximal levels of identity (and conservation, in the case
of amino acid sequences) for the purpose of assessing
the degree of similarity and the possibility of homology.
Pairwise sequence alignment programs
Multiple sequence alignment programs
How to get multiple sequences?
Sequence
BLAST Program
Two kinds of multiple sequence
alignment resources
[1] Databases of multiple sequence alignments
Text-based searches of
CDD, Pfam (profile HMMs), PROSITE
Database searches with a query
sequence with BLAST, CDD, PFAM
[2] Multiple sequence alignment by manual input
PileUp, CLUSTAL W, CLUSTAL X
Multiple sequence alignment programs
AMAS
Genedoc
ClustalW
ClustalX
DIALIGN
HMMT
Match-Box
MultAlin
MSA
Musca
PileUp
SAGA
T-COFFEE
1. ClustalW in BioEdit
(1) 序列的输入
(2) 序列alignment
(3) 格式调节
(4) 输出到绘图内编辑
1. ClustalW in BioEdit
2. Clustal W online
(1) 序列的输入
(2) 序列alignment
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
Multiple sequence alignment algorithms
Local Global
CLUSTAL
Progressive PIMA PileUp
other
Iterative DIALIGN SAGA
PIMA
PIMA
Strategy for assessment of alternative
multiple sequence alignment al
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