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PBS作业调度应用与说明.doc
PBS(Portable Batch System)最初由NASA的Ames研究中心开发,主要为了提供一个能满足异构计算网络需要的软件包,用于灵活的批处理,特别是满足高性能计算的需要,如集群系统、超级计算机和大规模并行系统。PBS的主要特点有:代码开放,免费获取;支持批处理、交互式作业和串行、多种并行作业,如MPI、PVM、HPF、MPL;PBS是功能最为齐全, 历史最悠久, 支持最广泛的本地集群调度器之一. PBS的目前包括openPBS, PBS Pro和Torque三个主要分支. 其中OpenPBS是最早的PBS系统, 目前已经没有太多后续开发, PBS pro是PBS的商业版本, 功能最为丰富. Torque是Clustering公司接过了OpenPBS, 并给与后续支持的一个开源版本.
PBS的应用不同于一般的直接运行: mpirun –np number ./executable_file
直接运行上句,则只能在单个节点上进行并行计算。如果要在多个节点上并行执行则要写machinefile或p4pgfile,两种文件的具体写法参考张林波等《并行计算导论》。运行命令分别为:
?????? mpirun –machinefile filename
?????? mpirun –p4pg filename
应用PBS提交任务则会形成任务队列,依次执行,有效分配资源,避免资源竞争。否则CPU时间片会轮流分配给各个人的任务,从而影响所有人的正常作业。
torque PBS 提供对批处理作业和分散的计算节点(Compute nodes)的控制。
安装Torque组件:在一个节点上(head node)安装pbs_server,所有计算节点上安装pbs_mom,所有计算节点和提交节点上安装PBS客户端。至少做最基本的配置,使Torque系统跑起来,也就是使pbs_server能知道该和哪些机器通话。
在pbs_server上创建一个作业提交队列。
在集群的所有节点上指定一个cluster name作为property。这可以用qmgr命令做到。比如:
????????????????? qmgr -c set node node properties=cluster-name。
确保作业可以提交到节点上去。这可以通过使用qsub命令做到。比如:
???????????????? echo sleep 30 | qsub -l nodes=3。
1.0 作业提交系统Torque个人安装总结(PBS)1.1 Torque安装(在master管理结点上)1. 解压安装包
tar -zxvf torque-2.3.0.tar.gz
2. 进入到解压后的文件夹
./configure --with-default-server=master
make
make install
3. 打包, user必须是个普通用户
1) [root@master torque-2.3.0]# ./torque.setup user
2) [root@master torque-2.3.0]# make packages
把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh, torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。
3) 客户端安装
[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh -install
[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh -install
4)编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes (需要自己建立)加入如下内容
master?? np=4
node01 np=4
........
node09 np=4
5)启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。
6)创建队列
[root@master ~]# qmgr
create queue students
set queue students queue_type = Execution
set queue students Priority = 40
set queue students resources_max.cput = 96:00:00
set queue students resources_min.cput = 00:00:01
set queue students reso
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