实验六.HIV病毒进化分析.docVIP

实验六.HIV病毒的进化分析 一.实验目的： 了解和学习系统发生分析的步骤和基本方法 二.实验基本要求： 从NCBI网络数据库获取相关的HIV和SIV病毒序列，提取相关的特征片段，进行进化树构建，对进化树进行解析。 三.实验内容提要： 本实验选择来自于人类和猴的16 条HIV 和SIV 病毒进行分析，物种名称和序列索引号码如下： 1. HIV-1 (Zaire) K03454； 2. HIV1-NDK (Zaire) M27323； 3. HIV-2 (Senegal) M15390； 4. HIV2-MCN13 AY509259； 5. HIV-2UC1 (IvoryCoast) L07625； 6. SIVMM251 Macaque M19499； 7. SIVAGM677A Green monkey M58410； 8. SIVlhoest LHoest monkeys AF075269； 9. SIVcpz Chimpanzees Cameroon AF115393； 10.SIVmnd5440 Mandrillus sphinx AY159322 ； 11.SIVAGM3 Green monkeys M30931； 12.SIVMM239 Simian macaque M33262； 13.CIVcpzUS Chimpanzee AF103818； 14.SIVmon Cercopithecus Monkeys AY340701； 15.SIVcpzTAN1 Chimpanzee AF447763； 16.SIVsmSL92b Sooty Mangabey AF334679； 提取用来分析的片段为：gag protein（GAG）、pol polyprotein（POL）和 envelope polyprotein precursor（ENV），选择其中之一，选择一个进化树的构 建方法，构建进化树并进行解释，通过进化树推测HIV 的可能起源。 实验结果 解释： 从进化树中可以看出，各序列之间存在或近或远的亲缘关系，具有共同的祖先序列，可把AF075269作为树根。 五．回答问题 1. 系统发生分析的步骤？ 分子系统发生分析主要分成三个步骤：（1）分子序列或特征数据的分析；（2）系统发生树的构造；（3）结果的检验。其中，第一步的作用是通过分析，产生距离或特征数据，为建立系统发生树提供依据。 为什么不直接使用序列的全长，而只是部分序列？ 如果序列过长，则会对比对结果造成干扰，最后得到的比对结果可能会与事实不符，而整个核酸序列中也有相当部分可能并没有编码蛋白质。而进行部分序列的比对更灵敏，也比较节约时间。 3. 为什么在构建进化树之前需要进行多序列比对？对多序列比对结果应该 如何进行处理？ 通过多序列比对，可以发现序列之间的联系与区别，获得构建进化树所必要的信息，对于了解分子的发生和发展，结构与功能是很必要的。 常用的构建树的方法有几大类？ 常用的构建树的方法有最大简约性法最大可能性法除权配对法邻位相连法 5. 树是如何进行统计学评估的？ 可以使用不同的方法来建立进化树进行比较，从而可以对所得到的结果进行修正，从而提高准确性。