代谢网络通量和结构分析.pdfVIP

夫连璎』：大学顼士学像论文 接 癸 生物体功能不仅涉及某个代谢物的单独作硝，丽是通过网状的交互{乍稻究戒。因此， 不仪臻对擎个代谢物深入研究，闻时随着数据海蛰增长，也必然需簧将大爨数据整合趣 采进霉亍分辨，嚣要以系统款溉点磅究生物网络蛇缀织结搀。本文圈绕代谢网络佟了一鉴 磷究工{乍。主簧结聚麴下： 1．当前町以清楚的知道一些模式生物的代谢网络拓扑结构，然而其代谢通量分稚并 不十分清晰，特别是对于基圈敲除后的代谢通量分布还需要深入研究。本文针辩不同鲍 萄标函数，翱阁约束优化方法来计算代谢网络的代谢流分布，同时考察了不嗣的约束优 他方法对代溅滚分毒的黪响。蓠先辊建犬爨枵菰中心碳t≮谢网络，然蘑以代谢平赞分氍 (F】UXBalance Of漱tabolie Analysis，FBA)秘最小代溅调节势橱(Minimization 基满敲除稀的代谢流分布。终果裘明标准化后的MOKA,是比较台理的计算方法。 flux 2．基元通照模式(elementarymode，EFM)鼹以计量学为基础，通过枚举输 入物裂达誉静产臻过程中的潞径来表示找谢避程，路径数硼对多少寝示生长艇力躺强 弱。舞丽瓣予计量学藩踌瓣邂攫平衡分橱F戳≥莰定输入铭妻搴鬃，遥过实现最大{毫蜡 橡函数来计算摄多能够生成的生物质量．在预测生物体的生长现蒙上，EFM和FBA分别 能够傲到定性预测和定蘸预溯．通过EFM预测了基因突变盾的酵母细胞生长现象，模拟 预测结果和实验结果很好吻合；通过与FBA方法得到的模拟结果比较，EFM方法能更好 镌把蒸因突变鞠其表型(生长)联系怒漱． 3．赉于代滋逶爨并不帮转交水乎存在联系，在基元遴爨模式酌蒸嵇上计算路轻耋 要性(control—effective fluxes，CEF)，然后与转渌表达数据比较。褥i4饯谢路径姆转 蒙水平存在…定联系，通过馊用路径羹簧性把鹣能力与路径效率联繇起采。 网络的快速发展照示了细胞中也存在通用规则，它提供了一种全新的概念来使我们 羹新谈谈生秘学。 蓑键谲；代谢秘络代谢潞径分橱代谢平衡分橱 ——。查垄蓬羔杰妻堡生堂燕篓兰 FluxandStructure Network—basedMetabolic Analysis Abstract lthasbeen thatthe functionisnot involved濂a recognizedbiologic oilly single metabolitebutalsothe interactionofmanymetabolites．Therefore，asystem multiple accountto the shouldbetaken analyze viewpoint structuresofthecentralmetabolicnetwo矗Sofcertain havebeen topological organism fluxdistributionsremain researchesshould clarified．titeirmetabolie unclear．Moreover,solne betakeninto onthe mutant+Thattheflux deepinvestigationespeciallygene-knockout distributionsof scalemetabolicnetworkhav