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生物序列比对 中文摘要 生物序列比对 中文摘要 随着人类基因组计划(HGP)的实施，生物信息学成为当今最重要的学科之一． 生物信息学可以看作是集统计学，数学和计算科学于一体的学科．主要用来分析 生物序列，即：DNA、RNA和氨基酸(蛋白质)序列．序列比对是生物信息学中最 基本、最重要的方法．通过序列比对，可以发现生物序列的功能、结构和进化信 息，因而序列比对是生物信息学的基础． 在本文的第一章，首先介绍了序列比 对方法和得分方案．序列比对包括全局序列比对和局部序列比对．从比对序 列的数目来划分，又包括两两序列比对和多重序列比对．接着，我们给出了一些 序列比对的算法．第二章，介绍了BLAST算法(基本的局部比对搜索工具)，这个 算法是建立在统计理论基础上的，并从两个方面出发，证明了BLAST算法．第三 章，给出了隐马尔可夫模型，介绍了怎样从多条序列建立隐马尔可夫模型，并用 隐马尔可夫模型来进行多重序列比对．第四章，我们讨论了生物网络中的局部图 比对和motif搜索．在得分函数的基础上，我们为拓扑motifs发展一个搜索算法， 该算法称为图比对，这是一个与序列比对有些相似的方法． 在文章最后，对BLAST算法、隐马尔可夫模型(删)和图比对作了讨论，分 析了算法存在的缺点，并且为将来进一步研究给出了几点建议． 关键词：序列比对最大得分片段BLAST算法隐马尔可夫模型图比对 作 者：黄宁 指导老师：汪四水(副教授) 生物序列比对 英文摘要 B S iologicalequencesAlignment Abstract Withthe ofHumanGenome has development oneofthemost canbedefinedasa developed importantsubject．Bioinformatics collectionof and methodsfor mathematical，statistical computational analying andamino is，DNA，RNA biologicalsequences，that isthemostbasicand Sequencealigment importantmethod．Bysequencealignment, wecandiscover and informationin functional，structural evolutionary biological 二 isthebasicofbioinformatics． sequences．So，sequencealigment In 1ofthis first