利用四态周期跳跃模型研究氨通道的通透性.pdfVIP

第 40卷 第 1期 河 北 工 业 大 学 学 报 2011年 2月 V01．40 No．1 JOURNAL0FHEBEIUNIVERSITY 0FTECHNOL0GY February 2011 文章编号 ：1007—2373 (2011)O1．0083．04 利用四态周期跳跃模型研究氨通道的通透性 谢 宁 ，刘 京 ，焦永芳 ，展 永 (1．天津科技大学 理学院，天津 300222；2．河北工业大学 理学院，天津 300401) 摘要 结合分辨率基于 1．35A的氨通道晶体结构 (Amt，ammoniatransporters)，建立了四态跳跃模型，并首次利 用主方程方法对氨通道的通透性进行了研究．结果表明：通道 内部电流随着时间的变化关系与实验结果相吻合， 离子沿通道运动 的4个状态存在的几率随外界铵离子浓度 的变化而变化． 关 键 词 氨通道；四态跳跃模型；主方程 中图分类号 Q61 文献标志码 A Usetheperiodicfour—statehoppingmodeltoresearch mechanism ofammoniatransport XIENing，LIU Jing，JIAOYong—fang，ZHANYong。 (1．SchooleofScience，TianjinUniversityofScienceandTechnology,Tianjin300222，China；2．SchoolofScience，HebeiUniversity ofTechnology,Tianjin300401，China) Abstract BythecrystalstructureofAmtwhichtheresolutionis1．35angstrom，webuildtheperiodicfour-statehopping model，anduseMaster-Equitiontoresearchmechanism ofammoniatransportforthefirsttime．Theresultsshow thatthe currentasafunctionofthetimeinthechannalaccordswithexperimentalresults，probabilitywhichtheionsoccupythe fourstateinthechannelischangedwithammonium ionconcentrationoftheoutsideofthechanne1． Keywords ammoniatransporters；four-statehoppingmodel；master-equation 0 引言 在生命体的一生中，铵离子的传输对于氮元素的新陈代谢来说是非常基础和重要的 “．氨通道 (Amt， ammoniatransporters)，在酵母菌中类似的名字也叫做 甲胺透性酶 (MEP，methylammonium ／ammoniumper- meases)，是典型的长度大于 420氨基酸并且以三聚体形式组装的蛋白质 ．大多数的Amt／MEP蛋白质的传输 速率都可以很容易被测量，所用的方法是测量以放射性的碳 14标记的MA的传导． 从分辨率为 1．35A的Amt／MEP蛋 白质家族中得到的氨通道 的结构表 明 ]：氨通道是一个跨细胞膜 11次 的通道．两个结构相似但是极性相反的二分体横跨细胞膜 ．有时存在或者有时不存在氨、铵离子或 甲胺、甲 胺离子的结构表 明氨通道存在一个接受氨和铵离子的前庭 ，也就是说存在一个铵离子的结合位点．长约 20A 的疏水性通道保证 了通过的铵离子的酸性常数 值低于 6，以便传导铵离子．在通道 内保守组氨酸对于通 透的铵离子产生了有利 的相互作用． 分析表 明：氨通道存在一个接受铵离子或者中性氨分子的前庭 ，一个结合 甲胺离子或者铵离子的位点， 还有一个疏水性的通道 ，这个通道通过氢键 的微弱作用力来结合氨分子．2004