一种高密度基因芯片设计的新方法.pdfVIP

第 期 电 子 学 报 3 Voi .29 No . 3 年 月 2001 3 ACTA ELECTRONICA SINICA March 2001 一种高密度基因芯片设计的新方法 孙 啸，王 晔，赵雨杰，马建明，陆祖宏 （东南大学生物科学与医学工程系，南京210096 ） 摘 要： 基因芯片是一种由高密度寡核苷酸探针所形成的微阵列 本文首先提出一种基因芯片上寡核苷酸探针 . 设计的新思想，即变长变覆盖探针优化设计方法，通过该方法设计的寡核苷酸探针的杂交解链温度最大程度地保持一 致，可有效地减少碱基杂交错配，提高基因芯片检测结果的可靠性. 根据上述核心思想，本文提出具体的检测目标核酸 序列及其突变的基因芯片设计方法. 关键词： 基因芯片；探针设计；动态规划 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： （ ） TP391.7 A 0372-2112 2001 03-0293-04 A New Method of High Density Gene Chip Design ， ， ， ， SUN Xiao WANG Ye ZHAO Yu-jie MA Jian-ming LU Zu-hong （ ， ， ， ） Dept . of Biology Biomedical Engineering Southeast Uniuersity Nanj ing 210096 China ： ， Abstract Gene chip is a kind of microarray with high density of oiigonucieotide . In this paper we present a new approach of ， gene chip design by which an optimum set of oiigonucieotide probes can be generated using dynamic programming . The probes have neariy the same meiting temperature Tm， and are of variabie iength and variabie overiap . The methods of designing gene chips detecting DNA mutation or SNPs are aiso proposed in this paper . ： ； ； Key words gene chip probe design dynamic