基因组研究多学科的交叉和相互启发.pdfVIP

≯沿 基因缀研究—一多学科的交叉秘榍互启发 ◆张洪钧 生命的产生以基因组提供的信息为基础，所有的 新的学科——生物信息学应运而生。美国生物技术信 生命活动都与基因组息息相关。人类基因组由30亿 碱基对构成。人类基因组计划首先是要揭示人类基因 学是生物学、计算科学和信息技术的结合，其目的在于 组的序列结构．即弄清这么多的碱基按什么顺序串联 揭示新的生物学规律乃至生物学的基本法则。具体讲， 在一起；接着是弄清各段序列都有什么生物功能，如哪 即开发新的计算方法和统计方法以寻找大量信息群间 些序列能编码蛋白质或功能RNA，哪些序列是基因表 的关系；对各种数据进行分析，找出数据所表示的生物 达的正、负调控序列，哪些是基因表达的启动序列、终 学意义；开发应用新的工具以实现对各种信息的获取 止序列等。这部分工作称为结构基因组研究：最终要弄 和管理。 清基因组的各部分是如何工作，尤其是如何分工协作 生物信息学目前研究的主要内容可概括为： 的，这称为功能基因组研究。 (1)结构基因组研究：基因组结构信息的收集、管 今年3月，人类基因组结构已基本清楚，有关数据 理及信息分析方法与技术开发，如计算机帮助下的基 发表在英国《自然》【，]和美国《科学》阁上。 因识别： (2)功能基因组研究：蛋白质结构预测，蛋白质的 生物信息学的诞生 细胞定位预测；基因表达谱(观测细胞在某一时间点的 30亿对核苷酸构成的链太长了，现有的技术只能 一小段一小段地进行序列测定．然后再把小片段按本 来的顺序连接起来。科学家首先在人类基因组中不同 个基因的表达异常或／和结构异常所引起的、具有遗 区域定好标记，即遗传图的遗传标记和物理图的物理 传易感性的疾病)； 标记，根据这些标记将基因组分成若干大片段克隆。 (3)遗传密码起源； 大片段克隆进一步切割成短于2000核苷酸的小片段， (4)分子进化／基于全基因组的进化研究：伴随生 再用遗传工程技术将小片段“装”到细菌质粒载体上扩 物进化，核酸会发生碱基突变。根据物种间某核酸分 增。接着是用测序仪进行小片段序列测定。这些序列 通过电脑加工、质量检查，再用特定的计算机程序将相 组的序列相似程度，就可判断物种间的亲缘关系； 互重叠的序列拼接起来。如果中间有不能拼接或值得 (5)细胞功能模拟。 怀疑的地方(g印)，还要用其他多种方法确定其序列内 作为自然科学的基础——物理学，更是基因组研 涵。整个过程是分子生物学、遗传工程技术和数学、信 究的重要成员。物理学参与基因组研究，最早可以追溯 息学的综合。 到遗传物质构象研究——DNA双螺旋结构模型的确 伴随着人类基因组计划的进行，科学家对数学和 定和遗传密码思想的产生。发人深思的是，这两个重大 信息学的依赖越来越强。巨量的数据／信息，也为用理 生物学现象的发现者竟然都是物理学家。随着人们对 论物理学思维方法进行生物学研究提供了可能。一门 遗传、发育等生命现象和基因组研究的不断深人，随着 分子生物学时代的到来，用理论物理学思维方法进行 张洪钧：博士后．清华大学生命科学院，北京100084。 生物学研究。即建立理论生物学的研究方法越来越受