2,序列采集和存储.pdf

生物信息学 生物信息学 第二章：序列的采集和存储 中心法则 中心法则 DNA ：Deoxyribonucleic acid，脱氧核糖核酸； RNA ：RiboNucleic Acid，核糖核酸； 碱基 碱基 核苷酸，Ribonucleotide 核苷酸，Ribonucleotide 脱氧核苷酸 脱氧核苷酸 Deoxyribonucleotide Deoxyribonucleotide 双脱氧核糖核苷酸 双脱氧核糖核苷酸 Dideoxyribonucleotide Dideoxyribonucleotide DNA的结构 DNA的结构 RNA的结构 RNA的结构 氨基酸的结构 氨基酸的结构 氨基酸的性质及分类 氨基酸的性质及分类 氨基酸周期表 氨基酸周期表 标准密码子 标准密码子 本章内容提要 本章内容提要 1. DNA测序 2. 序列数据的存储 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 基因组数据库 3. 序列数据的文件格式 1. DNA测序 1. DNA测序 Sanger测序法：DNA一次连续测序的长度可 达500bp以上; EST (Expressed sequence tag) 测序：细 胞中mRNA反转录成cDNA，方向不定测序; GSS (Genome Survey Sequences，基因 组勘测序列) ：类似于ESTs，来源基因组; HTG (High-throughput genome sequences ，高通量基因组序列) ：高通量、 尚未完工的DNA序列; Sanger测序法原理 Sanger测序法原理 (末端终止法） (D) (末端终止法） ddGTP C ddTTP A ddATP T 使用寡核苷酸引物连续测序 使用寡核苷酸引物连续测序 基因组测序：两种方案策略 基因组测序：两种方案策略 1. 基因图谱法：DNA片段在染色体上的位 置、方向已知。首先染色体被打断成 150~200kbp左右的大片段，然后克隆到 BACs (Bacterial Artificial Chromosome) 中，再进一步随机打断，克隆，测序，依 靠计算机组装成长的序列(contigs) 。 2. “鸟枪法” （shotgun ）：DNA片段在染 色体上的位置和方向未知。全基因组随机 打断成小片段，克隆，双向测序，依靠计 算机组装成长的序列。 人类基因组计划 人类基因组计划 基因组图谱：遗传图谱，物理图谱 遗传图谱(genetic map) ：连锁图谱，显示 所知的基因和/或遗传标记的相对距离位置与 次序。 物理图谱(physical map):表示某些基因和/ 或遗传标记之间在基因组上的精确位置和距 离（如间隔的bp数目）的图谱。 第二代DNA测序实验技术 第二代DNA测序实验技术 高通量测序技术：一次对几十万到几百万条 DNA分子测序 原理核心思想是边合成边测序(Sequencing by Synthesis) ：在Sanger等测序方法的基 础上，用不同颜色的荧光标记四种不同的 dNTP，当DNA聚合酶合成互补链时，每添 加一种dNTP