系统生物学技术在微生物菌种改良中应用.pdfVIP

综述专论 SCIENCETECHN)(L)(GY化IN工C科H技EM，20IC0A9，L17IN(1D)U：4S6T～R5YO 系统生物学技术在微生物菌种改良中的应用* 李 良智 ，成 漠 ，李小林 ，徐 鑫 (1．中国科学院青岛生物能源与过程研究所，山东 青岛26607]；2．北京出入境检验检疫局，北京 100026) 摘 要 ：生物工业不断探索新方法来改 良微生物菌株。系统生物学技术 的重要 目标是通过大量的 组学数据分析来阐明细胞功能 ，已经为菌种改进提供 了新技术 。作者综述 了基 因组 、转录组、蛋 白组 、代 谢物组以及代谢流组等系统生物学技术在微生物茵种改 良中的应用 ，进而展望 了基于系统水平改进微 生物茵种的发展方 向。 关键词 ：系统生物学技术 ；菌种改 良；微生物 中图分类号 ：TQ033；0643．3 文献 标识码 ：A 文章编 号 ：1008—0511(2009)01—0046—05 菌种改 良是提高生物细胞生产能力，从而顺 心 问题L4]。 利实现生物工程 目标 的重要方法之一 。传统的微 目前已有一些根据系统生物学技术的组学分 生物菌种改良是通过随机诱变结合推理选育等策 析结果来改进菌种 的报道[5]，而高通量分析技术 略来实现，其操作靶点 目标不明确、且筛选 出优 良 的发展进一步为从分子水平和细胞水平等方面更 菌株需要较大的工作量和耗费大量的时间 ]。而 深刻、更全面分析各种组学的数据提供了基础，同 理性 的代谢工程和细胞工程 的方法虽然已成功地 时这些组学数据又为菌种改进提供 了更多新的靶 运用于一些微生物菌种的改造 ，但这些方法 只能 点 川。综述了近年来系统生物学技术在微生物 根据 已有的信息或经验来操纵少量基 因编码的酶 菌种改良中的重要应用 。 和调节蛋 白，因而也具有很大的局限性[2]。 1 基 因组在菌种改良中的应用 系统生物学是研究一个生物体系中所有基因 组 、转录组、蛋 白组、代谢物组等的构成 ，以及在特 目前 已有天蓝色链霉菌等微生物的全基因组 定条件下这些组分间的相互关系的学科[3]。用系 序列测定结果 ，而在 NCBI的基 因组项 目中有 统生物学 的方法来研究微生物 内在的生理变化 、 294种微生物 的基因组已经测序和功能注释，这 微生物之间的相互作用 、以及微生物与外界环境 些基 因组的信息表 明微生物具有生产多种次级代 相互作用 的关系，其最大的特点是全域性研究，特 谢产物的潜能[8]，通过 比较分析基 因组 ，引入、敲 别是全基因组基 因表达 的时序及环境适用性研 除或扩增某些基 因可 以获得 目标代谢物 的高产。 究、蛋 白质组的时序及环境适用性研究、代谓|组的 也就是说 ，通过运用基 因组信息来对 菌种进行改 时序及环境适用性研究等。这种全域性的研究可 造是完全可能的。首先 ，相对简单的方法是在保 以发掘微生物生物合成的调控基因，为菌种改进 、 持细胞正常生长和 目标产物的生产情况下改变一 重构微生物基因组及表达调控系统提供更全面的 些非必须基 因，从而 实现菌种 改 良的 目的。如 理论基础。因而综合运用系统生物学技术 ，如基 Ohnishi等比较 了生产赖氨酸的棒状杆菌的野生 因组、蛋 白组、转录组、代谢物组、代谢流组等来分 型菌株和高产菌株的基因序列 ，表明通过点突变 析和改进工业微生物菌株已成为系统生物学的核 可以提高赖氨酸的生产L9]，以等位基 因取代谷氨 收稿 日期 ：2008一l0—