表观遗传学一段多彩历史.docVIP

表观遗传学的一段多彩历史 现今的表观遗传学搞得如火如荼。今天要侃的，其实是表观遗传学漫漫历史长河中一条支流所泛起的几朵浪花，这条支流就是DNA甲基化和去甲基化。 DNA甲基化是较早发现和得到认可的一种表观遗传学修饰，就是在碱基胞嘧啶（cytidine, C）的嘧啶环上第5位碳原子加上一个甲基基团（-CH3）。这种修饰并非发生在DNA序列所有的C上，而主要是在CG一起出现是的C上（后来发现：在胚胎干细胞，也有很多甲基化发生其他C上）。别小看了这一个小小的修饰，却给DNA增加了额外的信息，使得有限的基因组遗传信息的表现呈现出丰富的多样性和可塑性。 你可能会问了：这额外的信息究竟是些什么呀？这可能几句话说不太清，这样吧，我们先简单地把DNA甲基化理解为“一把锁”，凡是被DNA甲基化标记的部分，大都是需要被“尘封”“监禁”的基因，比如基因组的“捣蛋鬼”—转座子，就是被甲基化这把“锁”管制着，失去管制或管制不严，这些“捣蛋鬼”会在基因组里跳来跳去，把基因组搞得一团糟，会引起很多问题，如肿瘤、精神疾病（自闭症等）等，这个话题我以后会专门聊。 DNA甲基化最符合表观遗传的定义了。DNA甲基化在体细胞水平是十分稳定、且可遗传的，也就是说，体细胞分裂形成的“女儿”细胞（还可以继续分裂）不仅继承了“母亲”细胞的基因组DNA序列，还十分忠实地拷贝了“母亲”细胞基因组DNA的甲基化模式。但是，在生殖细胞形成过程中，还有受精卵向胚胎分化的过程中，基因组DNA的甲基化要经过一个大规模的“重塑”，而且时间窗口很短。例如，受精卵在分裂前，显然对精子的基因组ＤＮＡ甲基化进行了一次“清洗”，在受精卵分裂后很快又开始快速重建。另外，还有生殖细胞（精子和卵子）的形成过程中，也有这么一个甲基化重塑现象。这就提出了一个重要的基本问题：DNA甲基化在这么短的时间内事如何被“清洗”掉的？回答这个问题的关键就是找到能够将DNA的甲基化基团去掉的DNA去甲基化酶（DNA　demethylase）。 然而，这个问题提出容易，解决起来却很不那么容易。从提出来伊始，花了很多人十几年的功夫，却一直悬而未决！为什么？DNA去甲基化这个过程只限于卵子受精后分裂前和生殖细胞生成过程，时间窗口很短，细胞来源有限，无法获得足够数量的细胞或组织进行分子生物学操作来鉴定基因，更无法进行生化操作去纯化酶，因此研究起来极其困难。多年以来这DNA去甲基化过程一直是一个很大的谜团。 问题很重要，可是“狗咬刺猬-无从下口”。 中间有段插曲。有个加拿大的犹太裔生物学家Szyf教授made a big joke。Szyf教授也算是DNA甲基化领域的一个元老了，然而这老先生他剑走偏锋，最后成为这个领域的另类科学家，边缘人物。他的实验室报道发现了一个DNA去甲基化酶出来，发在1999年的Nature上【1】，一时间在圈内引起轰动，但是其它实验室重复不出来，这就很严重了， Szyf在JBC上还专门给出详细条件，给大家分析为什么难重复的原因，但后来还是没有人报道说重复出来的。这老兄倒还是坚持不懈，不停地给ＪＢＣ灌水，用不同的系统证实去甲基化酶的存在。那时俺入行不久，也从这些JBC文章中看出些破绽来了，还想花点时间做点东西批驳他们。于是就跟老板谈起Szyf和他的工作，老板一脸的不屑，并说那是浪费时间。对待垃圾，科学家没有时间去证实它是垃圾，只有掩面而过（这是我的理解）。我当时还有一个疑惑，JBC怎么还能容许他灌水呢？朋友老徐说，学术界大概还想保留这种异端的声音和探索，没准哪天还证明Szyf是对的呢。有段时间大家都挺忌讳提DNA去甲基化酶这个概念，怕被别人耻笑吧。 　ＤＮＡ去甲基化的研究从此沉寂了若干年。 但是，还是有些有远见的科学家一直还在思考这个问题，并没有停止探索的脚步。（不好意思，俺也为这个问题着过一段时间的迷，可惜找不到解决的办法，一些想法被某大牛否定，另外，俺自己也确实没有这个金刚钻，最后也就放弃了）。 2005年，施扬的实验室发现组蛋白去甲基化酶和催化机制，引起轰动，这也鼓舞了人们去寻找和鉴定DNA去甲基化酶的信心。北大尚永丰实验室报道了在卵巢癌细胞有基因特异性“主动DNA去甲基化”的现象，美国朱健康实验室在植物发现并鉴定了ＤＮＡ去甲基化酶。然而，哺乳动物的DNA甲基化酶，依然是“犹抱琵琶半遮面”，“千呼万唤不出来”。 2008年又有德国多家实验室联合，和法国实验室在Nature上发表两篇论文，报道了载体细胞内局部性的主动DNA去甲基化过程【2，3】。这时，ＤＮＡ甲基化领域的一个亚牛-哥伦比亚大学Bestor出来在Cell上带有讥讽的口吻评论这件事 The colorful history of active DNA demethylation.我这篇博文也从他这借个副标题 【4】。稍早些时候，海德堡的发育生