宏基因组学及其在医学微生物学领域的应用.pdfVIP

第 25 卷 　第 3 期 病 　　毒 　　学 　　报 Vol . 25 　 No . 3 　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　 2 0 0 9 年 5 月 CH IN ESE J OU RN AL O F V IROL O GY May 　 2009 宏基因组学及其在医学微生物学领域的应用 赵蓉 ,胡永峰 , 金奇 ( 中国疾病预防控制中心 　病毒病预防控制所 　基因工程国家重点实验室 ,北京 　100052) ( ) 中图分类号 :Q78 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1000872 1 2009 03023 104 　　微生物是地球上种类最多、数量最大 、分布最广的生物 段 , 以微生物多样性 、种群结构 、进化关系 、功能活性 、相互协 ( ) 群 。仅原核生物 细菌和古细菌 即构成地球生物总量的的 作关系及与环境之间的关系为研究 目的的新的微生物研究 25～50 %[ 1] 。自然条件下 ,包括病毒在 内的微生物 ,通过群 方法[4 ] 。目前主要包括对病毒宏基因组学和细菌宏基因组 落广泛参与 C 、N 、O 和 S 等重要元素的循环转化 ,在人体的 学的研究 。 食物消化 、毒素降解及机体免疫反应 ,环境污染物降解等方 宏基因组学直接以某一特定环境样品中的全部基因组 面发挥着重要作用[2 ] 。然而 ,研究表明 , 只有不到 1 % 的微 为对象 ,避免了传统微生物学方法基于纯培养的限制 ,为充 生物可以培养 ,我们对微生物世界的认识主要集中于实验室 分认识和利用未培养微生物 、完整地从群落水平上认识微生 纯培养的单一微生物 ,对微生物群落作为整体的认识远远落 物世界提供了可能 。微生物宏基因组学为最大限度地挖掘 后于对其个体的研究 。噬菌体是病毒中最为普遍和分布最 微生物资源带来了前所未有的机遇 , 已经成为国际生命科学 ( 广的群体 ,但由于大多数的宿主细菌不能培养 ,特定环境中 技术研究的最重要的热点和前沿 。 图 1 Tyson , N at u re , 病毒的群体结构和动力学研究也受到极大的限制[3 ] 。 455 , 2008) 宏基因组学直接对特定环境中的微生物核酸进行序列 2 　宏基因组学基本策略 分析和功能分析 ,无须对微生物进行纯培养 ,从而可全面地 宏基因组学以基因组技术为基础 ,基本程序包括 :环境 对某一生境微生物进行研究 ,引起了国际科学界的广泛关注 样品中宏基因组的提取 ;将 DN A 克隆到载体中;载体转化 和重视 。2007 年 3 月 ,美国国家科学院联合会 以宏基因组 宿主细菌建立环境基因组文库 ;环境基因组文库分析和筛 学为主题发表报告 ,呼吁建立全球宏基因组学研究计划 ,建 选 。近年来 ,随着新一代高通量 、低成本测序仪的问世 ,宏基 议大量启动中小型宏基因组学研究项 目,对寄生微生物群落 因组的研究可对特定生境中的基因组片段直接进行测序而 (