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基于SMP集群的激光化学反应模拟效率分析.pdf
第28卷第4期 计算‘机应用研究 V01．28No．4
Researchof
2011年4月 Application Computers Apr．2011
基于SMP集群的激光化学反应模拟效率分析冰
李鸿健1’2，唐．红2，豆育升2，孙世新1
(1．电子科技大学计算机科学与工程学院，成都610054；2．重庆邮电大学计算机科学与技术学院，重庆400065)
摘要：基于半经典分子动力学模型，在SMP集群中实现激光化学反应双层并行模拟系统。结合粗粒度的原
子分解算法和细粒度的矩阵并行乘法实现激光化学反应模拟中力计算部分的并行化，分析粒度划分对半经典分
子动力学模拟并行效率的影响。在SMP集群中测试表明，采用128个处理器模拟由500个C原子构成的分子体
系，并行效率可达70％。在CPU数量固定的情况下，SMP节点内的细粒度的并行对提高半经典分子动力学模拟
并行效率影响较大。该系统能够模拟大分子体系的激光化学反应，在提高加速比的同时保证计算资源的利用效
率，满足激光化学反应模拟需求。
关键词：激光化学反应；半经典分子动力学；SMP集群；加速比；并行效率
中图分类号：哪38 文献标志码：A 文章编号：100l-3695(2011)04-1232—03
doi：10．3969／j．issn．100l-3695．2011．04．007
on cluster
of reactionssimulationbasedSMP
Efficiencyanylysisphotochemical
LI Shi一)【inl
Hong-jianl”，TANGHon92，DOUYu—shen92，SUN
(1．College
矿ComputerScience＆Teclonogy，Chongqing
realized
a simulationof reaCtiOnSand basedonSMPcluster．Im-
Abstract：Thispaperdesignedparallel systemphotochemical
reactionssimulationatomic and matrix
plementedphotochemical byusing decompositionalgorithmparallel multiplication．In·
the methodwith8threadsand16threadsonthe of fixed
parallel by fine—grained using
vestigated efficiencyusing condit．ion
of 500carbonatoms 128-core
numberof onSMP thesimulationthemolecularwith
processors．Testedcluster，tested byusing
wa8 al
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