基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别.pdf

ISSN 8 CODEN 1673—941 JKYTA8 of and JoumalofFrontiers http：／／’州w．ceaj．org Computer∈沁ience7I’echnology 1673—9418，2009／03(03)一0293—10 DOI：10．3778，j．issn．1673—9418．2009．03．007 Involvedin In— IdentificationofInterfaceResidues teractionsNa押e Classifier Using Bayes WANG Chishel一，CHENGShouba01，XUDongzhe3 Jiaxin91，SU of and ofEducation，Anhui 1．KeyLaboratoryIntelligentComputingsignalProcessing，Ministry 230039．China 0f Scienceand 238000，China 2．DepartmentComputer Techn0109)r，ChaohuCollege，Chaohu，Anhui of ofscienceand of Modem China，Hefei230026，China Technology 3．DepanmentMechanics，University author：E—mail：wyxcs@163．com +Corresponding 基于朴素贝叶斯分类器的蛋白质界面残基识别宰 王池社1～，程家兴1，苏守宝1，徐栋哲3 1．安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室，合肥230039 2．巢湖学院计算机科学与技术系，安徽巢湖238000 3．中国科技大学近代力学系，合肥230026 摘要：蛋白质相互作用中界面残基的识别在药物设计与生物体的新陈代谢等方面有着广泛应用。基于朴素 贝叶斯分类器对属性条件独立性的要求，构建了由蛋白质序列谱和溶剂可及表面积组成的蛋白质相互作用特 征模型。在一个具有代表性的蛋白质异源复合物组成的数据集中取得了68．1％的准确率、O．201的相关系数、 40．2％的特异度和49．9％的灵敏度，取得了比其他方法更优的结果，且远优于随机的实验结果。通过一个三维可 视化的结果更好地验证了方法的有效性。 关键词：朴素贝叶斯分类器；蛋白质相互作用界面；序列谱；残基溶剂可及表面积 文献标识码：A 中图分类号：TP39 ofiIlterface in WANG a1．Identm明tion Chishe，CHENGShoubao，et Jiaxing，SU fmmtheBure肌ofEducationofAnhuiProVince 幸，11le PmvincialNat岫lScien曲cFund Projec协of Re∞a砒FundfmmtlIeBureauofAIllluiProvi眦efor Teach啪 Science粕d Youllg (安徽省高校省级自然科学研究项目)；tlle No．2007jqll40(安徽省高校青年教师科研