k-相似系数和互补性指标.pdf

新疆农业大学学报2002，25(2)：33～35 Journal ofXinjiangAgriculturalUniversity 文章编号：1007—8614(2002)02—0033—03 k一相似系数和互补性指标 陈敬锋1，马金霞2，肉孜阿吉1 (1．新疆农业大学基础部，乌鲁术齐830052；2．新疆农业大学农学院，乌鲁木齐830052) 摘要：提出k-相似系数的概念和互补性指标，使依据RAPD资料建立核心种质的计算能得到全局的优解，还给 出了算法的说明。 关奠词：RAPD；核心种质；k-相似系数；互补性指标 中图分类号：$565．403．2 文献标识码：A k-ResembleCoefficientand Index Complementary Chen Jinxia2，Rozi Jingfen91，Ma Arj (1 Basic of Dept．ofSciences，XinjiangAgricuhural Agrono— Agricultural my，Xinjiang University，Urumqi，830052) article a ofk—resemblecoefficientand made Abstract：This index．which proposedconception complementary to thecalculationbebestsolvedinorerallsituationbasedonRAPDdata．An elucidationwasadded algorithmic thearticle words：RAPD；corecollection；k—resemble index Key coefficient；complementary 指纹分析和基因定位等。我们曾提出依据RAPD资料建立核心种质，并给出了一种计算方法【1]。 核心种质”1是从现有的种质中按照科学的取样方法与技术，选出约10％样品组成，在一定程度上，代表 了某一种及其近缘野生种的形态特征、地理分布、基因与基因型的最大范围的遗传多样性。对于促进种质 交流、利用、以及基因库管理具有重要的学术和实用意义。 核心种质代表了作物及其近缘种的遗传多样性，具有最小的重复性。建立核心种质一般应遵循的原则 为：①得到的核心种质的基因位点总数尽可能地多；②同一位点上，人选的核心种质应具有互补性．使重复 度尽可能地小；③选人核心种质的样品数目不宜过多。文献[1]的算法，较好地体现了这三个原则，尤其是 其计算量较小，应用起来很方便。但它属于一种“逐步”的算法，前面人选的个体在以后的过程中，不再被剔 除，一般只能得到局部的优解。 作为文献(1]的算法的改进，这里我们将给出k一相似系数的概念和度量一个组合的互补性即重复度大 小的指标，以期新的算法能得到全局意义上的优解。 1 k．相似系数和互补性指标 n×”z的矩阵D=(d“)。。。，，其中， ． 1，如果第i个样品在第j个位点上显示条带， a0一f0，否则。 收稿日期：2002—04—08 万方数据 新疆农业大学