基于三链DNA结构的全错位排列问题算法.pdf

第 14卷 第2期 滁 州 学 院 学 报 VO1．14No．2 2012年 4月 JOURNALOFCHUzH0UUNIVERSITY Feb．2012 基于三链 DNA结构的全错位排列问题算法 孙 侠，殷志祥 ，赵前进 ，许 峰 (安徽理工大学 理学院，安徽 淮南 232001) 摘 要：目前，一种新型的DNA计算模型一——三链DNA计算模式正越来越受3,1z．4J1的关注。已经证实，DNA 单链能在RecA蛋白的介导下与同源的双链 DNA 匹配成稳定的三链DNA结构，利用此三链核酸提取 目的 DNA序列是完全可行的。文章提出了全错位排列问题的基于三链DNA的计算模型，由于表示可能解的链都 是双链，彼此不会错配，也不会形成发夹结构，这样就大大降低了编码复杂度和计算错误率。 关键词 ：三链 DNA结构 ；抗原中介 ；全错位排列问题 中图分类号：Q812 文献标识码：A 文章编号2012)02—001803 DNA计算是一种以DNA和相关的某些生物酶作为 最基本材料的，基于某种生化反应原理的新型分子生物计 算方法。自1994年，美国加利福尼亚大学的AdlemanE1_博 士提出DNA计算的思想以来，DNA计算领域的研究有 了 长足的发展。许多NP一完全问题和困难计算问题都得到 了解决，如中国邮递员问题，图的着色问题，匹配问题，图 的最大团问题，最小覆盖问题，0—1规划问题等_l2]。以 tt^6fT ^ ^#^c^n ^c^^^^^t^t ^t^T ^t^ 前的DNA计算方法都是基于watson—Crick原则，利用 工 冀 叠焉 写墨墨叠叠墨 碱基间的互补配对来完成基本的运算。随着实验的技术 的不断提高，近年来许多研究者在实验中相继证实分子可 图 1 三螺旋 DNA链 的空间结构与分子结构 以以其它结构存在，比如三链状结构。至今已发现的三链 2004年 Shigemori等发现DNA在RecA蛋白及AT— PrS的存在下，与线性双螺旋DNA可形成稳定的三链结 结构有三股螺旋结构和三股发辫结构。对三链DNA的研 构 (见图2)。经证实 由RecA蛋 白介导形成的三链 DNA 究主要是医学方面，也有人尝试用三链DNA解决有关问 题，方刚等L7J用三链 DNA计算模型解决了3一SAT问题、 是相当稳定的l1。2009年方刚_7]通过实验证实使用 Re— 。 三顶点着色问题，杨静等l8]利用三链 DNA计算模型解决 cA蛋白介导的三链核酸提取 目的DNA序列的方法是完 了O一1整数规划问题。 全可行的，它可以被设计用来进行相应的分子运算。目前 0 全错位排列问题是组合数学中常见的一类问题，作者 关于三链 DNA的研究偏重于它的医学应用，如通过三螺 给出过它的基于芯片、基于表面的DNA计算模型l9 ，这 旋结构的形成，寡聚核苷酸可以充当切割DNA的 “分子剪 里将尝试给出基于三链DNA的计算模型，与前面两种模 刀”和提供抑制基因转录的新手段等等。下面给出全错位 型相比，利用三链结构，降低了编码的复杂度，而且反应后 排列问题的基于三链 DNA