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第 31 卷 第 8 期 计算机与应用化学 Vol.31, No.8 2014 年 8 月 28 日 Computers and Applied Chemistry August 28, 2014 β-甘露聚糖酶理化性质与其最适 pH 的相关性 林源清，王粲，张光亚* （华侨大学化工学院生物工程与技术系，福建，厦门，361021 ） 摘要：为了探究影响GH5 家族 β-甘露聚糖酶最适 pH 的各种因素，利用该酶的序列信息，构建了基于氨基酸组成的 β-甘露聚糖 酶理化性质与其最适 pH 的相关性模型。结果表明：该酶N 端氨基酸序列是影响其最适 pH 的重要因素，在 243 个理化性质中 有 17 个呈极显著相关，其中 7 个呈正相关。优化的转移能量参数相关性最高，为 0.78 ；7 个正相关的理化性质中，与螺旋相关 的理化性质占 3 个。优化的转移能量参数和螺旋是影响 pH 稳定性的最重要的因素。所建立的模型为研究该酶酸碱适应性机理 提供了一种简单有效的方法。 关键词：β-甘露聚糖酶；最适 pH ；理化性质；优化的转移能量参数；螺旋 中图分类号：Q617 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2014)08-929-933 DOI: 10.11719/com.app.che 1 引言 文献 [4] ，其序列获取于NCBI (http://www.ncbi.nlm. /) ，对于最适pH在一定范围的，取其中间值。氨 半纤维素是世界上第二丰富的可再生生物材料。半 基 酸 的 243 个 理 化 性 质 来 自 APDbase 数 据 库 [5] 纤维素包括木聚糖，甘露聚糖，半乳聚糖和阿拉伯聚糖。 (/bioinfo/APDbase/APDbase.php) 。 作为一种可再生的生物材料，半纤维素的利用在近几十 2.2 基于氨基酸组成的 β-甘露聚糖酶理化性质的计算 年来已受研究者的广泛关注。半纤维素酶是降解半纤维 本文选取了20种氨基酸的243个理化性质，包括：不 素的一类酶。目前，在快速发展的工业生物技术上，半 纤维素酶已成为一种关键酶。在半纤维素酶中，目前的 同结构的构象参数、立体参数、极化参数、亲疏水指数、 研究热点集中在木聚糖酶，而水解甘露聚糖的酶在很大 分子表面可及性、分子体积、范德华体积、吉布斯自由 [1] 能、非共价键自由能、各种二级结构的归一化频率、电 程度上被忽略 。 β-甘露聚糖酶(EC 8)是一类能够水解含β-1 ， 荷分布、侧链相互作用参数、平均柔性指数、各种二级 4-D-甘露糖苷键的内切水解酶，属于半纤维素酶类。自 结构的不同权重等。 Gubitz等[2] 首次发现β-甘露聚糖酶可以促进纸浆的溶解 分别统计β-甘露聚糖酶全长、N末端、中间端及C末 以来，β-甘露聚糖酶在纸浆造纸工业上的应用显著增加。 端的氨基酸组成，其中氨基酸序列如下所示： 此外，随着对该酶特性及水解产物研究的深入，β-甘露 全长的氨基酸序列：a1 a2 a3 LLan 聚糖酶在洗涤剂工业、