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蛋白质相互作用相关生物信息 学 俞鸿 E-mail:yuhong@ 提纲 相关概念 蛋白质组相互作用数据库 蛋白质相互作用的预测方法 蛋白质相互作用的分析 相关软件介绍 蛋白质相互作用研究背景 蛋白质组学的重要研究方向 实验数据积累和通量蛋白质相互作用实验 技术的出现 研究生物学网络和通路，阐明蛋白质功能 概念 蛋白质A 蛋白质B 基因 蛋白质A 蛋白质B 转录调控作用 结合，剪切，修饰… 蛋白质A 蛋白质B 直接的物理相互作用 反应1 反应2 代谢通路中的蛋白质相互作用 研究意义与重要性 大部分细胞生命活动在蛋白质水平，而不是 DNA、RNA水平 生物的生物学功能常常由多个蛋白质的互作共同 完成 激素-受体结合，核酸抑制，抗原-抗体反应，信号转 导，酶的变构效应… 蛋白质相互作用研究进一步揭示了生命的本质， 涌现出一些重大科研成果。 近十年，数个诺贝尔生理学奖与蛋白质相互作用研究 有关 提纲 相关概念 蛋白质组相互作用数据库 蛋白质相互作用的预测方法 蛋白质相互作用的分析 相关软件介绍 蛋白质组相互作用数据库 数据库名 说明 网址 BIND 生物分子相互作用数据库 http://bind.ca/ DIP 蛋白质相互作用数据库 / IntAct 蛋白质相互作用数据库 http://www.ebi.ac.uk/intact/index.html InterDom 结构域相互作用数据库 .sg/ MINT 生物分子相互作用数据库 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/ STRING 蛋白质相互作用网络数据库 http://string.embl.de/ HPRD 人类蛋白质参考数据库 / MPPI 脯乳动物相互作用数据库 http://mips.gsf.de/proj/ppi/ biogrid 蛋白和遗传相互作用数据，主要来自 / 于酵母、线虫、果蝇和人 PDZbase 包含PDZ结构域的蛋白质相互作用数 /services/pdz 据库 /start Reactome 生物学通路的辅助知识库 / 数据库比较之数据量 Suresh Mathivanan An evaluation of human protein-protein interaction data in the public domain. BMC Bioinformatics 2006,7 数据库比较