HLAAB基因分型寡核苷酸芯片的研制及其临床评价.pdfVIP

HLA-AB 基因分型寡核苷酸芯片的研制及其临床评价 张帆 胡守旺 （中山大学达安基因诊断中心，广州 510665 ） 【摘要】 目的 应用芯片技术对人类白细胞抗原（HLA ）-AB 进行基因分型，并对其临床应用效果 进行考核。方法 根据 HLA-A 和 B 不同基因型别的核酸序列设计寡核苷酸探针，探针经合成及修饰后按 一定矩阵模式固定于经醛基化处理的载玻片上，制成用于 HLA 基因分型的寡核苷酸芯片；设计特异性引物， 并将每对引物中的一条进行 5’末端荧光标记，通过不对称 PCR 扩增 HLA-A 和 B 基因第二、三外显子，获 得荧光标记的目的 DNA 片段；将标记的目的 DNA 片段置于芯片上探针微阵列中进行杂交反应；通过芯片 扫描仪扫描杂交结果，并进行数据分析，判断待测样本的 HLA-AB 基因型别。结果 对 1 295 例临床样本 的分型结果显示，芯片方法与 PCR-SSP/流式-反相 PCR-SSO 方法的总符合率分别为 HLA-A ：99.61%， HLA-B ：98.03% 。对南方医院的 145 份标本中两种方法检测结果不相符的 7 份样本进行 DNA 测序，结果 表明，5 份样本的 DNA 测序结果与芯片分型结果一致，基因芯片的检测准确性度高于 PCR-SSP 试剂。结 论 HLA-AB 基因分型寡核苷酸芯片特异性强，灵敏度高，重复性好，适合临床使用。 【关键词】 人类白细胞抗原；基因分型；寡核苷酸芯片；PCR-SSP ；流式-反相 PCR-SSO Development and clinical evaluation of oligonucleotide microarray for HLA-AB genotyping ZHANG Fan ， HU Shouwang. DaAn Gene Diagnostic Center ，Guangzhou 510665，China 【Abstract 】 Objective For HLA-A and B genotyping, oligonucleotide microarray was prepared and evaluated. Methods Oligonucleotide probes were designed based on the sequence of the different genotypes of HLA-A and B and were fixed on silylated glass slides to form a microarray. Fluorescence-labeled target DNA was obtained by asymmetric polymerase chain reaction amplification of exon 2 and exon 3 of HLA-A and -B genes and hybridized to the microarray. The hybridized microarray was subsequently scanned and the result was analyzed by software in order to determine the genotypes of the tested sample. Results The sensitivity of the microarray for HLA-AB genotyping was 10 ng/ul, with a coincidence rate of 100% with international reference, and a combined variation value of detected signal below 15%. Analysis of genotyping of 1295 cases of clinical samples showed that the general coincidence rate between the microarray method and conventional method (polymerase chai