原创力文档- 1、本文档共9页，可阅读全部内容。
- 2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 6、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
8月工作总结 兰兰 DGGE实验进展 1、水体菌总DNA的提取： 2、16S扩增、切胶回收： 3.16S V3区扩增 5.DGGE切胶后克隆连接转化 注：上图为部分克隆后凝胶电泳图 DGGE切胶后V3区扩增采用25ul体系，扩增后采用OMEGA PCR产物回收试剂盒进行回收 ： Question： DGGE下步计划 验证DGGE图谱条带是否是单一的条带：阳性对照组进行DGGE切胶后的再次DGGE来验证 湛江阳江DGGE图谱的重复性，验证实验所得DGGE图谱的准确性 解决DGGE切胶后无法用高保真酶来扩增的难题 阳江主要条带和次要条带的克隆测序 DGGE图谱的分析 * * 采用 Water Omega DNA Kit提取基因组总DNA,分装小分于-70°冻存。 注：1、2：3月湛江水； 3、4: 4月湛江内海、外海水； 5、6：4月阳江外海、内海水； 7: 5月湛江水； 8、9: 5月阳江外海、内海水； 10：6月湛江水； 11、12：6月阳江外海、内海水； 16S PCR扩增反应条件：95°5min, 95°1min,48°1min,72°2min,30Cycles, 72°10min,4°∞ 16s扩增后采用OMEGA凝胶回收试剂盒凝胶回收。以此回收产物为模板进行16s V3区扩增。 1500bp 注：1、2：3月湛江水； 3、4: 4月湛江内海、外海水； 5、6：4月阳江外海、内海水； 7: 5月湛江水； 8、9: 5月阳江外海、内海水； 10：6月湛江水； 11、12：6月阳江外海、内海水； 16S V3区PCR反应条件：94°4min, 94°45s,60°45min,72°1min,26 Cycles, 72°10min,4°∞ 每个样品1个重复，为了便于条带在DGGE上更好的分离，在引物341f 5，端连接一个40bp的GC夹； 为了使PCR扩增能够更真实的反应环境样品的真实度，特采用Takala的高保真酶STAR Poly merase. 234bp 注：1、2: 3月湛江水； 3、4: 4月湛江内海、外海水； 5: 5月湛江水； 6：6月湛江水；7、8:7月湛江内海、外海水 ；+：阳性对照 4：DGGE V3区PCR产物经浓缩后上样于8%的DGGE（变性梯度为50%-65%）进行电泳，恒压100V,10.5hr。 条带越多说明微生物多样性越丰富，条带信号越强，表明该种属的数量越多，从而确定样品中所含有的微生物的种类和数量的关系 同样样品通过几次重复跑DGGE每次的重复性结果都很理想。 结论:普通预混装MIX和Takala酶做出来的DGGE图谱均没有高保真酶的效果好，且后者条件稳定。 16S V3区一般PCR和梯度PCR 对后续DGGE图谱影响很大，前者比后者更稳定，条带更多。 阳性对照菌液量为：地衣芽孢杆菌黄色葡萄球菌大肠杆菌哈氏弧菌 234bp 1. 目的条带大约为234bp,但克隆测序后的序列长度在170bp左右，是什么原因导致这种结果？对鉴定的菌属是否会有影响？ 2. 相同位置的条带却是不同的菌属，不同位置的条 带却是同一种菌属，什么原因？ *
文档评论（0）