计算机辅助药物设计本科教学研究.pdfVIP

朱瑞新刘琦曹志伟 同济大学生命科学与技术学院上海200092 摘要：从锤养计划的制订”、。教学团队建设?、。教学模式。、?教学方式‘和“教学条件”五个方面全方位的介绍了同济大学生命科学与技术学院在 程计算机辅助药物设计》课程本科教学中的实践和体会。 关键词：计算机辅助药物设计本科生教学与科研教学研究 Aided 。计算机辅助药物设计”(ComputerDrugDesign／是，无论是作为本科课程，还是研究生课程，全面系统的进行 Assisted ComputerDrugDesign，CADD)以计算机为载体，综合运“计算机辅助药物设计”实践教学的单位寥寥无几。其中华东理 用物理、化学和生物等学科的基本原理和(统计)数学知识，对 工大学药学院就是这为数不多，给本科生开设了实践课的高校之 药物研发的各个阶段进行辅助解释、预测和设计。它是诞生于20 一。在他们的培养计划中，将理论课与实践课安排在不同学期分 世纪60年代，20世纪80年代才得到迅速发展的一个新兴，前沿和别进行，和安排了使用开源软件为主辅助并尽量全面覆盖“计算 综合的研究领域。尽管如此， 《计算机辅助药物设计》课程已经 机辅助药物设计”的七大研究领域的实践教学口J，考虑到，教师 被国内外部分高校列入了本科生培养计划中。笔者所在的同济大 和学生对知识传授和学习的时间连贯性和商业软件的覆盖全面及 学生命科学与技术学院就是我国最早批为在校本科生开设了该课 界面友好性，我们教学团队采取将理论课与实验课安排在同步进 程的单位之一。 行(我们的理论课与实践课教室为同一教学机房)，并完全以商 “计算机辅助药物设计”研究内容围绕药物研究的两个研究 业软件进行实践课的配套教学。我们的教师与学生对此课程的培 对象：受体和配体，可以分成：(1)虚拟小分子生成。(2)大分子结养计划普遍支持，认为这样能够非常高效提高教与学质量。部分 构预测。(3)定量构效关系。(4)药效团模型。(5)分子对接。(6)全新兴趣在“药物设计”的同学们，一般都会在随后的《课程设计》 药物设计和。(7)动态模拟(分子动力学／随机动力学／蒙特卡洛) 和《毕业设计》两门课程中选择“计算机辅助药物设计”作为其 七大块。这些研究需要具有从基因到蛋白，从序列到结构，从大 主题，这样其运用“计算机辅助药物设计”方法解决实际问题的 分子到小分子，从单个对象到复杂网络；从物理模型到数学模 能力将得到进一步的加强。如此一来，我们的本科生无论是选择 型，直到计算机实现-和从基础实验到临床实验；等多个专业知 继续攻读研究生还是直接走上工业界，都因为有了一定的实战经 识的储备。同时，作为与工业界联系十分密切的一门课程， 《计 验而更具有优势。 算机辅助药物设计》课程对教学中实践操作提出了更高的要求。 2，教学团队建设 当还是处于本科阶段的学生面对如此一门“广博”且“操作性 强”的课程，如何在教学中取得较好的效果值得广大教师认真研 考虑到Ⅸ计算机辅助药物设计》是个主要涉及化学、生物和 究。以下介绍我们教学团队在《计算机辅助药物设计》本科课程 计算机科学的综合性课程，我们从一开始就注重形成具有“不同 教学中的实践和体会。 专业”和“知识结构上无交叉”的教学团队。到目前为止，我们 已经形成化学、生物学和计算机科学三个不同专业的核心教师教 1．培养计划的制订 学团队；同时又动态的形成了四年级本科生(即刚上完《计算机 科研型大学的课程设置需要通识课程、选修课程和专业课 辅助药物设计》，选择在我们团队所在课题组进行“直博”的学 程并举，开设培养创造力的专门课程，并重视创业课程…。大学 生)和两名研究生(也是在我们课题组攻读硕士或博士的学生) 本科课程设置按照知识结构又可进一步分为通修课、学科群基础 的辅助学生教学团队