鲤遗传-物理整合图谱的构建及鲤与斑马鱼的比较作图.pdf

Construction of the genetic-physical integrated map for common carp and comparative mapping with zebrafish genome By Zhao Lan A Thesis Submitted to Dalian Ocean University In Partial Fulfillment of the Requirement for the Degree of Master (Science) Advisor: Sun Xiaowen Completed in April, 2013 Commencement in June, 2013 摘要 摘要 鲤 (Cyprinus carpio) 在世界水产养殖上是一种重要的养殖品种，年产量已达340 万吨， 占所有淡水水产品的比例高达14%；鲤在我国有着悠久的养殖历史，并且还具有一定的文 化意义；除此之外，鲤还可以作为观赏鱼。近年来，国内外研究者在鲤的遗传学和基因组 学方面开展了广泛的研究，比如开发大量分子标记、构建低、中等密度的遗传连锁图谱、 重要经济数量性状位点的定位、构建大片段基因组文库、末端测序以及构建物理图谱等。 但是鲤较高密度的遗传连锁图谱、遗传—物理整合图谱构建工作还没有完成。本论文的目 的就是要建立鲤较高密度的遗传连锁图谱以及遗传—物理整合图谱；另外，还通过比较基 因组学手段对鲤与斑马鱼进行了比较作图，最终将鲤较高密度的遗传连锁图谱、鲤物理图 谱和斑马鱼的全基因组图，三者有机的结合在了一起。通过本研究，以期丰富鲤的基因组 学和比较基因组学方面的研究并且用于验证鲤全基因组测序和组装结果。具体研究结果如 下： 1、从鲤物理图谱中选择较大的230 个重叠克隆群 (contig)，从每个contig 的BAC 末 端序列里分别查找微卫星并设计微卫星引物 2-3 对。一共设计了 629 对 BAC 锚定 (BAC-anchored) 微卫星引物，其中550 对引物有扩增产物；226 对有效扩增的引物是多态 的，并且在作图群体中进行了基因分型。 2 、通过将黑龙江水产研究所随机开发的664 个微卫星和 5000 个 SNP 侧翼序列与鲤 物理图谱上BAC 末端序列数据库的比对，发现有40 个微卫星以及137 个SNP 是属于BAC 关联 (BAC- associated) 标记。 3、一共使用了 1359 个标记分型结果进行遗传连锁图的连锁分析 (包括新开发的 226 个BAC-anchored 微卫星分型结果、原先开发的332 个BAC-anchored 微卫星分型结果、黑 龙江水产研究所开发的664 个微卫星分型结果和137 个BAC- associated SNP 分型结果) ， JoinMap 4.0 软件连锁分析后，得到的鲤遗传连锁图谱上一共有1209 个标记分布于50 个连 锁群上。遗传连锁图谱长度为3565.9 cM，每个连锁群长度范围是17.3 - 126.7 cM，标记间 平均间隔为3.077 cM 。 4 、所有的BAC-anchored 及BAC- associated 的标记共计有620 个作为锚定点，将遗传 连锁图谱与物理图谱联系在一起，达到了整合的目的。遗传—物理整合图谱上一共有 463 个物理图谱的contig (其中新开发微卫星标记整合了166 个最大的contig ) 和88 个物理图 谱的单个克隆，共计 498.75 Mb 的物理长度 (其中新开