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图形软件与Amber程序的联合应用

2008 12 () D ec, 2008 27 6 J urnal f Ch ngqing Un iversity fA rts and Scien ces (N atural Science Editi n) V l27 N 6 Amber 杨丽君, 周丽梅 ( , 637002) [ ]根据分子动力学模拟软件Amber的使用流程, 分析了几种图形软件在相应流程中的 应用. 分子动力学模拟 图形软件的有机结合, 大大简化了对所模拟的分子特别是生物大分子 的分析, 使输入和输出文件都变得更加方便直观. [] 图形软件; Amber; 大分子; 结构; 分子动力学 []O641 [] A [] 1673- 8012( 2008) 06- 0066- 03 , Leap; , [ 1] . Sander PMEMD ; ( M lecu lar Dynam ics smi u la , MM - PBSA, Nm de, Ptraj. ti ns, MDS), 2 , 2. 1 初始结构 , , , Pr tein Data Bank. [ 2, 3] . , PDB ( http: / /www. rcsb. rg) , Amber, NAMD, G r macs CDK2( PDB ID 2wi 6), . A ccelrys D isc very Studi , , , , , , . MM /PBSA , , 3: , , . , L. m l2, R. pdb, , 2iw6. pdb. pdb , . , m l2, 1 Amber . Accelrys D isc very S tudi , Amber, , . , 2. 2 prm t p和 inpcrd文件的创建 [ 4, 5] [ 6] . Amber . Amber, Amber 4: , , ( Pr tein Da , , ta Bank)( Cambridge Structural , Database)( Nucleic Acid Database) , , ; . AmberAntechamber , prm t p, inpcrd, . Chemdraw *

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