Potyvirus属成员基因组全序列的简并引物PCR和RACE扩增方法(论文资料).pdfVIP

第 18 卷 　 第 4 期 病 　　毒 　　学 　　报 Vol . 18 　　No . 4 　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　 2 0 0 2 年 1 2 月 CHIN ESE J OU RNAL OF V IROL O GY 　Dec . 　　2 0 0 2 Potyvirus 属成员基因组全序列的简并 引物 PCR 和 RACE 扩增方法 陈炯 ,陈剑平 (浙江省农业科学院病毒室 ,浙江 　杭州 　3 1002 1) 关键词 :马铃薯 Y 病毒属 ;简并引物 ;全序列测定 ( ) 中图分类号 :S432 4 1 　　文献标识码 :A 　　文章编号 :1000 - 872 1 2002 04 - 037 1 - 04 ( ) 　　马铃薯 Y 病毒属 genus Pot yvirus 是已确定的 息学原理 ,分析登录的植物病毒核苷酸序列来设计 植物病毒属 中最大 的一类 , 有 约 200 个种类被 简并引物 ,扩增未知序列的方法已有不少报道 ,但研 IC TV 接受为确定成员或可能成员 , 占已发现的植 究多限于病毒基因组 3 ′- 末端区域序列[ 1 ,2 ] 。本文 物病毒总数的 20 % ,且新成员数量仍在不断增加 , 通过分析设计 Potyvirus 属简并引物 ,初步建立了该 是种类最多、寄主范围最广 、经济意义最大的病毒 属未知成员基因组全序列的 PCR 和 RACE 技术快 属 。该属成员单链正性 RNA 基 因组长度一般在 速扩增方法 。 10 000个核苷酸左右 ,3 ′- 末端具有 poly (A) 尾 ,含 对已知全序列的 Potyvirus 属成员编码的多聚 单一的大开放读码框 ,先翻译成多聚蛋白,随后自催 蛋白氨基酸序列作多重序列分析后 ,根据保守氨基 化裂解为 10 个成熟产物 。该属成员基因组全序列 酸序列 ,设计并筛选出 5 个属特异性 PCR 简并引物 的克隆方法通常采用双链 cDNA 克隆 ,但 由于基因 (表 1) 。 组较长 ,近全长克隆效率很低 。近年来 ,根据生物信 表 1 　用于扩增 Potyvirus 属成员基因组全序列的简并引物和 RACE 引物 Table 1 　Primers for degenerated PCR amplification and RACE of t he cDNA sequence of ge