基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发.pdfVIP

第 49卷 第 5期 林 业 科 学 Vo1．49，No．5 2013年 5月 SCIENTIA SILVAE SINICAE May，2013 基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发 黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 刘攀峰 (中国林业科学研究院经济林研究开发中心 国家林业局杜仲工程技术研究中心 郑州 450003) 关键词 ： 杜仲；转录组 ；SSR；引物 中图分类号：$718．46 文献标识码 ：A 文章编号：1001—7488(2013)05—0176—06 DevelopmentofSSR M olecularM arkersBased on TranscriptomeSequencingofEucommiaulmoides HuangHaiyan DuHongyan W uyunTana Liu Panfeng (Non·TimberForestResearchandDevelot)mentCenterofChineseAcademyofForestry TheEucommiaEngineeringResearchCenterofStateForestryAdministration Zhengzhou450003) Abstract： To study thegenetic diversity ofEucommia ulmoideswithoutinformation ofthewholegenome，theSSR primersweredesignedbasedonthetranseriptomesequencingdata(unpublished)fromleavesandfruitsofE．ulmoides． TheSSR lociwereanalyzedusingmicrosatellitelocusscantoolSSRITtoanalyze49610 sequences，andwescreenedout 1442 SSR lociwhich distributed in 1 334 sequences．accounting for 2．9％ ofthe transcriptome sequences．The dinucleotiderepeatisthemostabundantrepeattype，accountingfor69．90％ ofthetotalnumberofSSRs．W eobserved 150kindsofrepeatingunitsandofundthatthehighestrfequencyisAG／TC，accountingofr32．73％ ofthetotalnumberof SSRs．Additionally，weofundasmallamountofCG repeats．A total85pairsofprimersweredesignedand synthesized， andtheprimerswereverifiedbyusing8differentexcellentclonesandamongthem 50paim ofprimerswereabletoamplify products，ofwhich20pairsofprimerswerepolymorphic．Thisstudyhadanimportantapplicationvaluetoanalyzegenetic diversityofE．ulmoidesbyusingSSR molecularmarkers． Keywords： Eucommiaulmoides；transcriptome；SSR；primer 简单重复序列 (simplesequencerepeat，SSR)， SequenceTag，EST)来源于基 因的转录区，直接反映 又称微卫星，是广泛存在于真核和原核生物基因组 基因的表达信息，虽然近年来