HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究.pdf

第30卷第6期 原 子 与 分 子 物 理 学 报 V01．30No．6 2013年12月 JOURNALOFATOMICANDMOLECULARPHYSICS Dec．2013 doi：103969／j．issn．1000—0364．2013．06．022 HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的 分子动力学研究 伊长虹，梁志强，王 伟，尹妍妍，李洪云，陈建中 (山东交通学院理学院，济南250357) 摘 要：HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标．本文采用分子动力学模拟和MM—PB／ SA方法计算了抑制剂3G3与HIv-1蛋白酶的结合自由能，结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的 结合．同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂一残基相互作用，结果证明残基Ala28， 也表明CH一丁【．犷c和CH一0相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合．我们期望这个研究能为抗艾滋病的药 物设计提供理论上的指导． 关键词：分子动力学模拟；MM—PB／SA方法；抑制荆一残基相互作用；HIV—l蛋白酶 中图分类号：Q641．12文献标识码：A 文章编号：1000—0364(2013)06—0994—08 A intointeractionofinhibitor3G3with computationalinsight HIV-1 basedonmolecular simulation protease dynamics YI Wei，YINYan—Yan，LI Chang—Hong，LIANGZhi—Qiang，WANG Hong-Yun，CHENJian—Zhong ofMathematicsand 250023，China) (Department Physics。ShandongJiaotongUniversity，Jinan hasbeenanattractive fortheantiretroviralofHIV一1in— Abstract：HIV一1 treatment protease drugtarget fectionoverthe molecularPoisson—Boltzmann simulation(MD)and surface years．Moleculardynamics been tocalculatefree oftheinhibitor3G3toHIV—-1 area(MM—-PB／SA)have adopted bindingenergy pro—- results thatvanderWaals drivesthe tease．The of3G3toHIV-1 suggest energy binding protease．The residue-basedfree methodwas to theinhibitor—·residueinterac-- energy decompositionapp