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Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟.pdf
第 12卷 第2期 生 物 信 息 学 Vol.12 No.2
20 14 年 6 月 Chinese Journal of Bioinformatics Jun.,2014
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doi:103969/ j.issn.1672 5565.2014.02.06
Hsc70⁃Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟
1 2 2 3 2 1,2∗
周 雷 ,徐利楠 ,周小红 ,薛友林 ,李 辉 ,宋有涛
(1.辽宁大学环境学院,辽宁沈阳 110036;
2.辽宁大学生命科学院,辽宁沈阳 110036;
3. 辽宁大学轻型产业学院,辽宁沈阳 110036)
摘 要:Hsc70 与auxilin 蛋白组成的系统是Hsp70/ Hsp40分子伴侣系统家族的一员,在热休克反应中发挥重要作用。 本文为
得出auxilin蛋白J 结构域的关键氨基酸,首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C 与auxilin D876C 的复合物结晶结构作为初
始模型,进行分子动力学模拟,通过比较平衡后的结合部位发现,将形成二硫键的氨基酸突变为原来的氨基酸结构在结合位
点上与生化结果较为相近,之后利用此结构通过拉伸动力学模拟分析了auxilin 蛋白J 结构域与Hsc70 的ATPase 功能域的解
离过程,并探讨了Hsc70 与auxilin蛋白之间的相互作用力。 结果表明位于HPD loop上的His874,Asp876,Thr879,螺旋Ⅲ上的
Glu884,Asn895,Asp896,Ser899,Glu902,Asn903为关键氨基酸,这些数据符合之前核磁共振实验证实的T 抗原J 结构域的
HPD基序和螺旋Ⅲ与Hsc70 的ATPase功能域之间的相互作用。
关键词:Auxilin;J⁃domain;Hsc70;蛋白相互作用;拉伸分子动力学
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中图分类号:Q71 文献标志码:A 文章编号:1672 5565(2014) 02 110 07
Steered molecular dynamics simulations of Hsc70⁃Auxilin interactions
1 2 2 3 2 1,2∗
ZHOU Lei ,XU Linan ,ZHOU Xiaohong ,XUE Youlin ,LI Hui ,SONG Youtao
(1. School of Environmental Science,Liaoning University,Shenyang 110036,China;
2. College of Life Science,Liaoning University,Shenyang 110036,China;
3.College of Light Industry,Liaoning University,Shenyang 110036,China)
Abstract:The Hsc70 and auxilin complex belongs to the Hsp70 and Hsp40 family, a chaperone system best
known foritsroleintheheatshockresponse.Themode
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