Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟.pdf

第 １２卷 第２期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１２ Ｎｏ．２ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １４ 年 ６ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ．，２０１４ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１４．０２．０６ Ｈｓｃ７０⁃Ａｕｘｉｌｉｎ复合物的拉伸分子动力学模拟 １ ２ ２ ３ ２ １，２∗ 周　 雷 ，徐利楠 ，周小红 ，薛友林 ，李　 辉 ，宋有涛 （１．辽宁大学环境学院，辽宁沈阳 １１００３６； ２．辽宁大学生命科学院，辽宁沈阳 １１００３６； ３． 辽宁大学轻型产业学院，辽宁沈阳 １１００３６） 摘　 要：Ｈｓｃ７０ 与ａｕｘｉｌｉｎ 蛋白组成的系统是Ｈｓｐ７０／ Ｈｓｐ４０分子伴侣系统家族的一员，在热休克反应中发挥重要作用。 本文为 得出ａｕｘｉｌｉｎ蛋白Ｊ 结构域的关键氨基酸，首先采用由二硫键交联的Ｈｓｃ７０ Ｒ１７１Ｃ 与ａｕｘｉｌｉｎ Ｄ８７６Ｃ 的复合物结晶结构作为初 始模型，进行分子动力学模拟，通过比较平衡后的结合部位发现，将形成二硫键的氨基酸突变为原来的氨基酸结构在结合位 点上与生化结果较为相近，之后利用此结构通过拉伸动力学模拟分析了ａｕｘｉｌｉｎ 蛋白Ｊ 结构域与Ｈｓｃ７０ 的ＡＴＰａｓｅ 功能域的解 离过程，并探讨了Ｈｓｃ７０ 与ａｕｘｉｌｉｎ蛋白之间的相互作用力。 结果表明位于ＨＰＤ ｌｏｏｐ上的Ｈｉｓ８７４，Ａｓｐ８７６，Ｔｈｒ８７９，螺旋Ⅲ上的 Ｇｌｕ８８４，Ａｓｎ８９５，Ａｓｐ８９６，Ｓｅｒ８９９，Ｇｌｕ９０２，Ａｓｎ９０３为关键氨基酸，这些数据符合之前核磁共振实验证实的Ｔ 抗原Ｊ 结构域的 ＨＰＤ基序和螺旋Ⅲ与Ｈｓｃ７０ 的ＡＴＰａｓｅ功能域之间的相互作用。 关键词：Ａｕｘｉｌｉｎ；Ｊ⁃ｄｏｍａｉｎ；Ｈｓｃ７０；蛋白相互作用；拉伸分子动力学 － － － － 中图分类号：Ｑ７１　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１４） ０２ １１０ ０７ Ｓｔｅｅｒｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｈｓｃ７０⁃Ａｕｘｉｌｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ １ ２ ２ ３ ２ １，２∗ ＺＨＯＵ Ｌｅｉ ，ＸＵ Ｌｉｎａｎ ，ＺＨＯＵ Ｘｉａｏｈｏｎｇ ，ＸＵＥ Ｙｏｕｌｉｎ ，ＬＩ Ｈｕｉ ，ＳＯＮＧ Ｙｏｕｔａｏ （１． Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｌｉａｏｎｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈｅｎｙａｎｇ １１００３６，Ｃｈｉｎａ； ２． Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｌｉａｏｎｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈｅｎｙａｎｇ １１００３６，Ｃｈｉｎａ； ３．Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｇｈｔ Ｉｎｄｕｓｔｒｙ，Ｌｉａｏｎｉｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈｅｎｙａｎｇ １１００３６，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ Ｈｓｃ７０ ａｎｄ ａｕｘｉｌｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｂｅｌｏｎｇｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｈｓｐ７０ ａｎｄ Ｈｓｐ４０ ｆａｍｉｌｙ， ａ ｃｈａｐｅｒｏｎｅ ｓｙｓｔｅｍ ｂｅｓｔ ｋｎｏｗｎ ｆｏｒｉｔｓｒｏｌｅｉｎｔｈｅｈｅａｔｓｈｏｃｋｒｅｓｐｏｎｓｅ．Ｔｈｅｍｏｄｅ