ABIPGM测序平台用于细菌基因组denovo测序的评价.pdfVIP

第 １３卷 第２期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１３ Ｎｏ．２ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １５ 年 ６ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ．，２０１５ ｄ － ｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１５．０２．０７ ＡＢＩ ＰＧＭ测序平台用于细菌基因组ｄｅ ｎｏｖｏ测序的评价 黄方亮 （浙江大学生命科学学院大型仪器平台，杭州３１００５８） 摘　 要：为了探索加快细菌基因组研究的方法，利用ＡＢＩＰＧＭ 测序平台测定了１株单细胞硫还原地杆菌的基因组序列。 测序 共获得１．４ Ｇｂｐ 数据，平均读长为１７７ ｂｐ。 通过多个拼接软件并采用合适的组装策略，得到一个完整细菌基因组３．５５ Ｍｂｐ 和 一条完整质粒序列１１０ ｋｂｐ。 测定基因组序列与参考基因组ｋｎ４００序列的相似性达到９４％，参考基因组９１％的基因能在测定 基因组中找到相似基因。 通过本研究表明采用ＡＢＩ ＰＧＭ测序平台结合灵活的拼接策略可快速构建细菌基因组精细图谱，为 进一步的功能注释及深入的信息分析提供准确的数据，大大加快研究进程。 关键词：ＰＧＭ测序平台；细菌基因组测序 － － － － 中图分类号：Ｑ７５　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１５） ０２ １１６ ０４ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆ ＰＧＭｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｐｌａｔｆｏｒｍｕｓｉｎｇｉｎｂａｃｔｅｒｉａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｄｅｎｏｖｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ＨＵＡＮＧ Ｆａｎｇｌｉａｎｇ （Ｅｑｕｉｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｐｌａｔｆｏｒｍ ｏｆ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｚｈｅｊｉａｎｇ ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｎｇｚｈｏｕ ３１００５８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｉｎ ｏｒｄｅｒ ｔｏ ｓｐｅｅｄ ｕｐ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｅｘｐｌｏｒａｔｉｏｎ，ｗｅ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｕｌｆｕｒｒｅｄｕｃｅｎｓ ｕｓｉｎｇ ＰＧＭ． Ｔｏｔａｌｌｙ， １．４ Ｇｂｐ ｒａｗ ｄａｔａ ｗｅｒｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ａｖｅｒａｇｅ ｒｅａｄ ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ １７７ ｂｐ． ２ ｃｏｎｔｉｇｓｗｅｒｅ ａｓｓｅｍｂｌｅｄ ｂｙ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ ａｐｐｒｏｐｒｉａｔｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ． Ｔｈｅ ｓｉｚｅ ｏｆ ｗｈｏｌｅ ｏｂｔａｉｎｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｌａｓｍｉｄ ｗａｓ ｍｅａｓｕｒｅｄ ｔｏ ｂｅ ３．５５ Ｍｂｐ ａｎｄ １１０ ｋｂｐ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ． Ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ９４％ ｏｆ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｔｒａｉｎ ＫＮ４００ ａｎｄ ９１％ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ＫＮ４００ ｗｅｒｅ ｔｅｓｔｅｄ ｔｏ ｂｅ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｉｎ ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｇｅｎｏｍｅ． Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｐｒｏｖｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ＡＢＩ ＰＧＭ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｐｌａｔｆｏｒｍ ｗｉｔｈ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｆｌｅｘｉｂｌｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｃａｎ ｒａｐｉｄｌｙ ｂｕｉｌｄ ｂａｃｔｅｒｉａ ｇｅｎｏｍｅ ｍａｐ． Ｂｙ ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ ａｃｃｕｒａｔｅ ｄａｔａ ｆｏｒ ｔｈｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｎ⁃ｄｅｐｔｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ，ｉｔ ｗｉｌｌ ｇｒｅａｔｌｙ ａｃｃｅｌｅｒａｔｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒｅｓｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＡＢＩ ＰＧＭ Ｓｅｑｕｅｎｃｉ