水分子三聚的ab initio和abeemmm方法研究及配体和受体间的结合自由能计算方法的评述.pdfVIP

水分子三聚体的abinitio和ABEEM／MM方法的研究及配体和受体间的结合自由能计算方法的评述 摘 要 摘要内容：本论文的工作主要分为两大部分：一、利用ab 动电荷力场方法研究了水分子三聚体几何构型和性质；二、评述了配体和受体阳J的结合 自由能的计算方法，及介绍了计算结合自由能过程中长期存在问题与挑战。 水分子团簇的研究已经成为当今科研的前沿热点之一，特别是针对小的水分子团簇 的研究对理解水溶液的性质具有非常重要的作用。水分子三聚体是精确建立分子问势能 面(PESs)三体作用的原型之一，也是从水分子二聚体向较大水分子团簇进行研究迈出 的第一步。在以往的研究中，通常都是关于水分子三聚体最稳定构型的研究，对于势能 面上的其他稳定结构的研究较少。本文应用高水平的ab 研究了三聚体水分子势能面上的八种稳定结构，并进一步应用以上方法计算得到了三聚 体水分子八种低能结构的各种性质，包括几何构型、相互作用能、简谐振动频率、ABEEM 电荷分布等。为了比较分析，进而又利用2种固定电荷力场及AMOEBA浮动电荷力场 方法计算了水分子三聚体的相互作用能。通过比较分析，ABEEMM／MM模型优化出来 的8种低能结构与高水平的abinitio方法具有很好的一致性。以上结果为验证 ABE