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碱基关联矩阵法在DNA病毒亲缘关系研究中的应用 摘要 基于标志基因的系统发生学研究极大地加快了人们对微生物多样性的认 识。然而病毒没有核糖体基因，并且聚合酶、衣壳蛋白等标志基因的序列保守 性差、甚至难以确定。这些不同寻常的情况加之其他因素，使得病毒的系统发 生学研究还不成熟。最近，利用全基因组数据构建物种亲缘关系受到研究者广 泛关注，但传统的序列联配方法不能直接应用于全基因组。如何比较基因组已 成为系统发生学研究中的亟待解决的问题。 本文提出一个用以推断生物系统发生关系的新方法一碱基关联矩阵法。它 是一种基于全基因组序列的、非联配序列比较方法。这种方法避开了序列联配 在全基因组应用中的困难和基因选择给进化研究带来的不确定性。它利用DNA 序列的碱基关联信息，具有参数少、序列长度适用范围广等特点。碱基关联矩 阵法的关键步骤在于偏信息关联筛选：使自然选择压力带来的进化偏好性得以 突出。本文详细讨论了碱基关联矩阵法在物种系统发生学研究中的应用，并将 所得结果与其他亲缘关系研究进行比较。 根据哺乳动物线粒体基因组偏信息关联物种特异水平的分析结果，构建碱 基关联矩阵用于推断哺乳动物亲缘关系。在所得到的进化树中，灵长类、啮齿 类、猛踢禽兽类、单孔动