碳纳米管作下淀粉样蛋白片段的组装和外场中纳米水的组装.pdf

摘 要 最近的实验和理论研究表明，碳纳米管具有一定的生物特性和仿生特性。比 如，碳纳米管会影响淀粉样蛋白质聚集的过程；碳纳米管可以作为生物通道或核 糖体的简化模型，等等。虽然这方面已有不少的实验工作，然而，碳纳米管与蛋 白质分子间的相互作用的详细情况仍然没有得到很好的理解。在本论文中，我们 采用全原子分子动力学模拟(MD)研究了的老年痴呆症有关的淀粉样蛋白Ap (Ap25—35)在碳纳米管表面的吸附特性，构象变化以及形成p桶结构的动力学 过程。在该过程中，我们发现了碳纳米管诱导的自组装。为了深入理解这种组装 的机理，我们基于一个简单模型和系综理论研究了刚性大分子组装的各种可能的 驱使力。另外，生物通道和核糖体中受限的纳米水结构也有着重要的生物意义， 同时也得到了广泛的关注。本论文中，我们通过大量的计算机模拟对外场作用下 的碳纳米管中受限水的各种相行为进行了研究。发现受限于纳米碳管中的水在外 电场作用下有新的纳米冰相存在。 本论文分为四个部分：第一章是绪论部分，介绍了蛋白质的性质、研究意义 和现状，以及碳纳米管的结构和性质；第二章是原理和方法部分，主要介绍计算 机模拟的方法和系综理论；第三章，第四章和第五章是第三部分，是本文的核心， 采用分子动力学方法