玉米全基因组ARF基因的分析进化.pdfVIP

摘 要 摘 要 摘摘 要要 生长素是植物生长过程中必不可缺的一类激素，在植物生长发育的各个阶段 都起到重要作用。近年来，对植物中的ARF基因不论是信号途径的转导还是表达 机制的研究都成为热点问题。本研究通过使用生物信息学软件对玉米全因组中的 ARF类型基因进行结构分析、系统进化和表达分析，同时也将玉米与其他物种的 ARF基因进行进化比较分析。全面的分析ARF家族基因，对于ARF基因的分子克 隆和分子进化的研究具有重要指导意义。获得主要结果如下： 1. 运用多种生物信息学的软件对玉米的全基因组进行搜索、比对和筛选， 共获得35个不同的ARF基因。通过对35个ARF基因序列的整合比对分析可知典型 的ARF基因含有三个结构域，分别为N末端DNA结合域（DBD）、中间核心区域 ( MR)、C末端二聚化结构域(CTD) (结构域III和IV)。参考水稻ARF基因家族的命 名方法，对玉米的ARF基因家族进行了命名，分别为ZmARF1-ZmARF35。 2. 通过构建系统进化树分析了ARF类型基因的进化关系，结果显示这些基 因主要分布于四个分枝，而与拟南芥、杨树、葡萄和水稻的ARF基因家族进行比 较分析发现玉米与水稻同源性最高，这表明ARF类型基因的进化可能是伴随着单 /双子叶植物差异分离进化而发生的。 3. 确定玉米ARF类型基因在染色体上的起始位置，进行染色体物理位置的 定位绘制，结果显示35个ARF基因分散的分布在玉米的十条染色体上，5号染色 体上最多，有6个基因；2、7、8、9号染色体最少，各有1个基因，没有出现明显 的基因簇现象，与其他物种的染色体定位具有相同特性。 4. 对玉米ARF类型基因的结构进行分析，同属一个进化分类的ARF基因其 基因结构较为相似，所含内含子与外显子的个数也基本相同；同源性比对分析表 明组成ARF基因功能核心区域的氨基酸序列具有较高的相似性；基序分析显示玉 米ARF类型基因的结构比较复杂，包含有20种不同的基序，motif 1-8这几种基序 出现在绝大多数玉米ARF基因中，而motif 17,18, 20这三种基序只在少数基因中 出现。这些少数存在的基序所在的基因可能在功能上发挥着重大的作用。 5. 利用玉米的EST数据库，分析35个玉米ARF基因的表达特性，所有的35 个基因都有EST表达的支持，结果表明玉米ARF基因可表达的组织部位可分为7 类，其中28个玉米ARF基因可在一个或多个组织部位进行特异性表达，但仍尚有 7个基因不能明确预测其特定的表达部位，只在混合组织中具有表达信息。这种 表达模式为深入研究ARF的作用和功能提供了重要理论依据。 关键词：玉米 ARF 基因复制 结构分析 比较进化 EST表达分析 I Abstract Abstract AAbbssttrraacctt Auxin is an essential hormone in the process of plant growth, which plays an important role in various stages of plant development. In recent years, studies in signal transduction pathways and expression mechanisms of ARFgenes in plants have become a hot issue. In this study, with bioinformation software, we perform structure analysis, phylogenetic analysis and expression analysis in ARFgene of maize whole genome, and the comparative analysis of ARF gene evolution between