水稻抗旱QTL区域连锁不平衡结构.pdf

III lUlIIIII I Ul IIll[I ＼1 摘要 摘要 本文选取国内外有代表性的籼稻品种和粳稻品种为材料，研究水稻抗早 QTL区域的单核苷酸多态性及连锁不平衡结构，探讨采用关联分析发掘水稻抗 旱基因的可行性，主要结果如下： 1．选取来自国内外籼稻品种42份，粳稻品种28份为实验材料，测序获得 个，转换与颠换的比值约为2．05：1，与理论值2：1相当。籼稻中有371个 丰富的单核苷酸多态性，籼稻大于粳稻。6个QTL区域之间单核苷酸多态性的 频率存在较大差异：在籼稻中，QTL (0w--0．48×10。)，相差五倍多。 2．对比籼粳群体的次等位基因频率发现，籼稻和粳稻群体中分布最多的均 为次等位基因频率小于等于10％的稀有SNPs位点。粳稻表现得更为明显，在 大，籼稻在QTL 区域所占比例最小，仅为6．3％；粳稻在QRTl0区域稀有SNPs所占的比例达 100％，而在OA8．1区域仅占24．1％。 3．籼粳群体在6个水稻抗旱QTL区域呈现出不同的连锁不平衡结构，粳稻 PRLll．1最小，为0．0840，在 锁不平衡强度大于籼稻。籼稻R2平均值在QTL PRLl 1．1最小，为 QTLqCC．1最大，为0．3535；粳稻R2平均值在QTL Ⅱ 摘要 O．1334，在QTLqDT．5最大，为0．4389，说明同一群体在不同染色体上QTL区 域连锁不平衡强度差异较大。 4．基于SNP单倍型进行聚类分析，结果发现籼稻和粳稻明显地聚为两大独 立类群，但是无论是在籼稻还是粳稻中，水稻和早稻的区别并不明显，互相混 杂。表明籼稻和粳稻的群体差异高于水稻和早稻的差异。 5．对抗旱性与SNP／单倍型进行关联分析，发现QTLqCC-l、qDT-5、 OA8．1和PRLll．1都与抗旱性之间存在着显著的关联，与抗旱性关联性最强的 1．1 标记位于1l号染色体上PRLl QTL，关联分析与QTL定位结果吻合的比率 高达67％，说明用关联分析方法发掘抗旱基因是可能的。 关键词：水稻；抗旱性数量性状位点(QTL)；单核苷酸多态性；连锁不平 衡；关联分析 Ill ABSTRACT and cultivatedrice Wechoose Chineseforeign including representative indica forthe of nucleotide accessionsof and single polymorphisms japinicastudy the ofassociation feasibility (SNPs)andlin