格点模型和原子模型新生肽链折叠研究.pdfVIP

摘 要 自然界生命现象的多样性上由蛋白质的多样性决定的 而蛋白质的功能又与其 结构紧密相关 蛋白质的结构极其复杂 当蛋白质的结构发生变化时 其生物功 能迥异或丧失生物活性 我们已经知道DNA 序列中三个相连的核苷酸决定蛋白质 分子中的一个氨基酸 这也是我们常说的 三联体密码 即第一遗传密码 50 年代 Anfinsen 提出假说 蛋白质一级结构决定着蛋白质的空间结构, 这个论断 现在国际上被普遍接受 大量的实验事实也证实了蛋白质一级序列与其空间结构 间存在着某种本质上的联系 我们把这种联系称为生物信息传递的第二遗传密码 第一遗传密码问题已经基本解决 但第二遗传密码的破解到目前为止还没有找到 有效的方法 国际上提出了许多解决此问题的模型和方法 可是无论是实验探索 还是理论研究都只能部分或不完全解释蛋白质一级结构决定高级结构的原由 Anfinsen 关于胰核糖核酸酶A 的分子在变性并且全部二硫键被还原后 可以 在适当的条件下自发地折叠 恢复原有的空间结构和全部生物活性的发现 对在 这一领域的研究产生了巨大的影响 从60 年代以来 对肽链折叠的研究几乎全部 集中于用在体外因变性而失去空间结构的蛋白质作为模型 研究在去除变性因素 后的肽链的重新折叠 企图根据变性并伸张的完整肽链的重新折叠 来认识新生 肽链在体内如何折叠成为具有特定空间结构和生物活性的蛋白质 基于目前国内 外研究的结果 邹承鲁提出新生肽链折叠的假说 认为变性蛋白已经具有完整的 肽链 而在体内合成时的肽链是逐步延伸的 二者情况并不相同 新生肽链的折 叠在合成早期就开始 随着肽链的延伸 先形成的新生肽链的折叠既和翻译同时 进行 又不断调整 这样新生肽链的合成 延伸 折叠 构象调整 直到最终三 维构象的形成 是一个同时进行的 协调的动态过程 显然这与一条变性伸展的 完整肽链的重折叠情况完全不同的 多年来体外蛋白质重折叠研究为揭示蛋白质折叠的本质提供了大量信息 但细 胞内蛋白质的生物合成 一个广义的蛋白质折叠问题 是一个比试管内蛋白质折 叠复杂得多的多的过程 这也为我们研究新生肽链折叠提供了很多有用的结论和 方法 新生肽链折叠的研究是解决目前蛋白质折叠研究中所遇到问题的关键 本文的工作主要是在格点模型和全原子模型下模拟研究新生肽链的生长折叠 过程 我们发现新生肽链折叠比直链重折叠在时间消耗上有着某种优势 这就可 能为如何在蛋白质折叠模拟研究中如何克服势能壁垒提供了某种方法上的借鉴 IV 并且此结论与实验观察结果是相符的 关键字 蛋白质 新生肽链 折叠 格点模型 全原子模型 V Abstract Variable natural phenomena are decided by the diversity of the proteins, which have most close relations with their configurations. The configurations of the proteins are extremely complicated and, when they changed a little, their biological functions will deviate from its natural one and even lose all. It is well known that DNA uses the triple coding method to determine the amino acid sequences of proteins. We also call this code as “the first genetic code”. In 1950s’, Anfinsen presumed that the high-level construction of the protein are decided by the order of amino acids in the protein. This presumption is well proved by lots of corresponding experim