主要组织相性复合物结合多肽的识别.pdfVIP

摘要 摘要 在脊椎动物中，T细胞识别主要组织相容性复合物(MHC)结合的抗原多 肽是免疫监督过程中的关键一步。为了辅助疫苗设计，我们需要知道大量MHC 结合多肽，但通过实验方法来识别MHC配体既费时间，花费又高，几乎不-uJ‘能 运用于大规模的肽段筛选。为此，计算机预测方法运用到此领域来减少需要用 实验证实的候选结合抗原的数量，本文旨在利用合理的编码方法来提高SVM建 模预报的准确率，来更有效的识别MHC结合多肽。 编码技术的研究有利于知识的提取，合理的编码方法可以提高模型预报的 准确率。现在虽然已经有了一系列传统的编码方法，但在MHC结合多肽识别这 个问题上，这些编码方法并没有提取MHC受体蛋白与结合多肽相互作用的信息。 本论文提出了一种新的编码方法，称为：环境编码。该编码体现了MHC受 Peters 体和抗原多肽之间氨基酸与氨基酸的相互作用。本文的研究对象是Bjoern 等人于2006年公布的一个大规模I类MHC多肽实验数据集，运用5种传统的 编码方法：正交编码、物理特征值编码、广义