水稻新型潜在冷节蛋白的生物信息学预测与分析.pdfVIP

摘要 作物冷害的发生范围在世界上分布很广，各种类型冷害的出现，往往造成粮 食大幅度减产。随着世界粮食危机的爆发和全球气候异常等问题的出现，冷害问 题正越来越受到各国政府的重视。因此，植物对低温的抗性，一直都是人们研究 的热点。随着人们对植物抗寒的分子机制认识不断深入，人们已经知道植物的抗 寒机制是：表达抗寒基因从而产生抗寒蛋白，依靠这些抗寒蛋白减少低温环境对 植物的伤害。冷调节蛋白就是一种可在冷胁迫环境下有效保护植物机体的抗寒蛋 白。冷调节蛋白的蛋白结构一般具有如下特征：一级结构富含亲水性的氨基酸， 二级结构以α-螺旋为主等。一种蛋白如果具有这些结构特点，就决定了其具有亲 水性、流动性以及热稳定性。所以以上结构特征可以作为判断一种蛋白是否是潜 在的冷调节蛋白家族成员的依据之一。但是，冷调节蛋白是一类高级结构多元化、 种类繁多的多基因家族，很难单凭几种简单的结构特征就能判断一种蛋白是否属 于冷调节基因家族的成员，所以新型冷调节蛋白的发掘一直以来都是一个难题。 本文运用生物信息学方法，用已知的冷调节蛋白作为电子探针，预测出 16种水 稻新型潜在冷调节蛋白，并且使用 NCBI- conserved domains、SWISS-MODEL 和 ExPASYProtParam tool 等在线软件预测它们的功能结构域和二、三级结构以及氨 基酸组成，对其作为冷调节蛋白潜在家族成员的真实性、可靠性做出理论上的判 断。分析表明，这 16种水稻新型潜在冷调节蛋白，符合冷调节蛋白的一些基本 的结构特征，具有其他冷调节蛋白相同的功能结构域，为这 16种蛋白属于水稻 冷调节蛋白家族提供了一些理论依据。但是，由于缺乏实验事实作为依据，仅仅 依靠生物信息学手段预测新型的蛋白质还是具有一定局限性的。因此，为了验证 预测的这 16种水稻新型潜在冷调节蛋白是否是水稻中的冷调控蛋白，进而具有 提高水稻抗寒能力的功能，我们下一步的工作将利用转基因等实验手段检验这 16中蛋白的功能，也为这 16种水稻新型潜在冷调节蛋白是否属于水稻冷调节蛋 白家族成员提供更为可靠的论据。为此，本文还做了一些初步的实验工作，奠定 了今后进一步深入研究的基础。 关键词：冷害, 冷调节蛋白，生物信息学，水稻 III Abstract Abstract AAbbssttrraacctt The scope of the occurrence of chilling injury is widely distributed in the world, the emergence of various types of cold damage, often resulting in significant grain yield. As the world food crisis and global climate anomalies and other problems, chilling injury problems are more and more the attention of Governments. Cold-regulated protein of the protein structure generally has the following characteristics: a structure rich in hydrophilic amino acids, secondary structure such as α-helix. If a protein has the characteristics of these structures to determine its hydrophilicity, mobility and thermal stability. So the above structure can beused as a protein to determine whether the cold-regulated protein is a potential basis for one of the family members. How