海带线粒体及部核基因组结构特征研究.pdf

海带线粒体及部分核基因组结构特征研究 摘 要 海带是一种冷水性大型经济海藻，具有重要的经济价值，可作为食品、化工 原料、保健产品、生物肥料等。另外，海带生物量巨大，是太平洋和大西洋暖温 带海域潮下带的重要初级生产力，在近海生态系统中占据重要的生态地位。海带 生活史中特征性的异型世代交替现象使之成为了藻类学和遗传学研究的典型生 物。 海带栽培在我国海水养殖业中占据极其重要的地位，我国海带养殖面积、养 殖产量均居世界首位。与海带栽培业相比，海带分子水平的基础理论研究相对落 后，海带基因组信息知之甚少，使海带研究缺乏较为全面的遗传背景信息，目前 尚无法深入阐明海带的遗传机制与机理，也限制了多项工作的开展。鉴于此，开 展海带基因组的研究显得迫在眉睫。 本论文首次针对海带线粒体及核基因组的结构特征进行探讨，研究内容包括 了两部分：一是利用逐段扩增的方式扩增并测定了“荣福海带(Laminaria saccharina)、长叶海带(Laminaria japonica×Laminaria longissima)、极北海带 (Laminaria hyperborean)的线粒体全序列，结合公共数据库中海带属线粒体 DNA(mitochondfion DNA，mtDNA)数据，探讨海带属线粒体DNA结构特征， 并首次在线粒体基因组水平上探讨海带属的分类地位及系统发育关系；二是首次 利用高通量测序技术对“荣福海带基因组进行随机测序，在此基础上分析重复 序列在海带基因组中的组成和分布特征，为大规模高效开发具有多态性的微卫星 等分子标记提供借鉴。主要研究结果如下： (一)线粒体基因组的结构特征及系统进化分析 测定了“荣福”海带、长叶海带、极北海带3种海带的线粒体全序列，其序 列长度分别为37，638bp、37，628bp、37，976 bp。编码66～67个基因(极北海带 (rRNA)、25个转运RNA基因(tRNA)。 海带属线粒体基因组的基本结构特征：基因排列紧凑，基因间隔区较短，除 掌状海带(Laminariadigitata)和极北海带有ORF157基因的插入外，基因数目 及排列方式完全一致，未发生基因重排现象；在碱基组成方面，海带属的mtDNA VIl 全序中A+T含量丰富，均占65％左右，且主编码链呈现G偏倚现象；在密码 子使用上，海带属藻类均使用通用遗传密码，除了掌状海带和极北海带的ORFl57 基因以GTG为起始密码子，其它基因的起始密码子均为标准起始密码子ATG， 终止密码子出现了吖蚺，TAG，TGA三种类型，且更偏向于使用W蚺，同义密 码子的使用与密码子第三位点的碱基组成密切相关。 首次发现相对真海带(Laminaria japonica)线粒体基因组，“荣福海带在 rps3和rps9基因之间的非编码区缺失了19个碱基，进一步研究我国7个主要养 殖品种和种群发现，根据这一非编码区的有无可将其划分为2个类群，“荣福”、 “三海’’、“福建海带均存在这一非编码区的缺失，“爱伦湾”、“东方2号、“东 方3号、“早厚成海带则具备这一非编码区，因此该变异可以作为海带种质亲 。 缘鉴定的依据。 结合目前已获得的海带属线粒体基因组数据，分别利用30个蛋白编码基因 联合序列及rRNA基因联合序列进行海带属系统发育树的重建，结果显示：海带 属藻类聚为两支，掌状海带和极北海带聚为一支，另外一支包括狭叶海带 (Laminaria angustata)、革质海带(Laminaria diabolica)、真海带、长叶海带、长柄海带(Laminaria longipedalis)、利尻海带 (Laminaria ochotensis)、皱海带(Laminaria