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基于454FLX高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究.pdf
·124 · 药学学报 Acta Pharmaceutica Sinica 2012, 47 (1): 124−130
基于454FLX 高通量技术的厚朴叶绿体全基因组测序及应用研究
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李西文 , 胡志刚 , 林小涵 , 李 卿 , 高欢欢 , 罗国安 , 陈士林
(1. 清华大学化学系, 北京 100084; 2. 中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193;
3. 湖北中医药大学药学院, 湖北 武汉 430065)
摘要: 叶绿体基因组序列在中药 DNA 条形码鉴定及基因工程生物制药方面具有广泛的应用前景。本文应用
454 高通量测序技术对厚朴进行了叶绿体全基因组测序, 建立了标准测序流程。生物信息学分析共获得有效序列
重叠群 (contig) 14 个, 测序覆盖度达到 99.99% 。厚朴叶绿体基因组大小为 160 183 bp, 大 (LSC) 、小 (SSC) 单
拷贝区大小分别为 88 210 bp 和 18 843 bp, 反向互补重复区 (IR) 大小为26 565 bp, 共注释叶绿体基因 126个, 其
中每个 IR 区 17 个。厚朴与木兰亚纲其他物种的叶绿体编码基因在种类、排列顺序及结构大小上基本一致。采
用叶绿体 81 个蛋白编码基因对厚朴及同属 5 个种 9 个样本进行了分子鉴定, 鉴定效率 100%, 并且可以成功区分
不同产地的凹叶厚朴。以上结果表明, 本研究建立的标准测序流程适用于叶绿体基因组测序, 叶绿体基因组序列
可有效区分厚朴及近缘物种。
关键词: 厚朴; DNA 提取; 基因组比较; 注释; 焦磷酸测序
中图分类号: R931 文献标识码: A 文章编号: 0513-4870 (2012) 01-0124-07
High-throughput pyrosequencing of the complete chloroplast genome of
Magnolia officinalis and its application in species identification
1, 2 2, 3 2 2 3 1* 2, 3*
LI Xi-wen , HU Zhi-gang , LIN Xiao-han , LI Qing , GAO Huan-huan , LUO Guo-an , CHEN Shi-lin
(1. Department of Chemistry, Tsinghua University, Beijing 100084, China; 2. Institute of Medicinal Plant Development,
Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Beijing 100193, China;
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